Application of a molecular diagnostic tool Genie II for monitoring of Batrachochytrium dendrobatidis in amphibians in Kyrgyzstan.

Emmanuel Kojo Essel

Master's thesis

Anotácia:

Batrachochytrium dendrobatidis (Bd) je houba odpovědná za onemocnění způsobující rychlý pokles populace obojživelníků a jejich celosvětové vymření. Rozpoznání přítomnosti tohoto patogenu se standardně provádí pomocí metody kvantitativní polymerázové řetězové reakce (qPCR), která je časově náročná, vyžaduje odborného diagnostika a laboratoř. V tomto výzkumu byl použit přístroj Genie II ke sledování přítomnosti Bd u testovaných obojživelníků. Genie II je moderní molekulární diagnostický nástroj, který je jednoduchý, citlivý, snadno ovladatelný jak ve venkovních podmínkách, tak v laboratoři. Pomocí Genie II byla potvrzena přítomnost Bd u 1 ze 60 testovaných obojživelníků z Kyrgyzstánu, přestože klinické příznaky nemoci u tohoto jedince nebyly viditelné. Použití tohoto nástroje umožní rychlou detekci Bd u obojživelníků, což zvýší možnosti léčby a ochrany ohrožených populací, sledování nedotčeného prostředí a zabrání dalšímu globálnímu šíření nemoci prostřednictvím obchodu s obojživelníky.

Abstract:

Batrachochytrium dendrobatidis (Bd) is a disease, causing fungus, responsible for the rapid amphibian population declines and their extinctions worldwide. Diagnosis of this pathogen is standardly making with quantitative polymerase chain reaction (qPCR) assay, which is time-consuming, expert diagnostician and laboratory demanding. In this research, Genie II assay was applied to monitor the presence of Bd in sampled amphibians. Genie II is a modern molecular diagnostic tool which is made simple, sensitive, and easy to operate on field and in laboratory conditions. By the use of Genie II assay, Bd presence was detected in 1 out of 60 sampled amphibians from Kyrgyzstan, even when clinical signs of chytridiomycosis were not visible. Hence, usage of this tool will enable rapid detection of Bd presence in amphibians, thus enhancing possibilities of treatment and protection of endangered populations, monitoring of pristine environments and prevention of further global spread of this disease through amphibian trade.

Kľúčové slová

LAMP, qPCR assay, Chytrid fungus, Rana amurensis, DNA examination

Keywords

Rana amurensis, DNA examination, LAMP, qPCR assay, Chytrid fungus

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 23. 4. 2015

Obhajoba závěrečné práce

• Vedúci: Ing. Jiří Vojar, Ph.D.

Czech University of Life Sciences Prague

Faculty of Environmental Science

Master programme / odbor:
Applied Ecology / Nature Conservation