Exprese demetylačních genů patřících do rodiny TET proteinů ve vzorcích pacientů s mnohočetným myelomem

Veronika FRÝBORTOVÁ

Bachelor's thesis

Expresion of demethylation genes that belong to TET protein family in the samples of patients that suffer from multiple myeloma

Abstract:

Cílem této bakalářské práce je detekce exprese demetylačních genů, mezi které patří proteiny TET, u vzorků pacientů s mnohočetným myelomem. Teoretická část pojednává o problematice mnohočetného myelomu. Jedná se o druhé nejčastější hemato-onkologické onemocnění postihující plazmatické buňky. Vznik a progrese mnohočetného myelomu není zatím zcela objasněna, avšak je známo, že vznik tohoto onemocnění ovlivňují faktory genetické a epigenetické. Mezi významné epigenetické modifikace patří metylace DNA a demetylace DNA. Proteiny ovlivňující především aktivní demetylaci se nazývají proteiny TET a na jejich modifikace se zaměřuje praktická část mé bakalářské práce. V praktické části byly zjišťovány metylační změny v genech TET1, TET2 a TET3. Izolovaná DNA byla štěpena pomocí restrikčních enzymů MspI a HpaII a následně analyzována pomocí real-time PCR na přítomnost metylací a hydroxymetylací. Metylační změny byly signifikantně prokázány u genu TET3. U genu TET1 nebyly metylační změny detekovány. Ve druhém kroku praktické části byla provedena relativní kvantifikace exprese genů TET1, TET2 a TET3. Pro expresní analýzu byl použit referenční gen -2-mikroglobulin. Snížená exprese byla detekována u genů TET2 a TET3, u kterých byly v dřívějším kroku prokázány metylační změny.

Abstract:

The aim of this bachelor work is to detect an expression of demetylation genes, containing TET proteins, in samples of patients with multiple myeloma. Theoretical part discuss about problematics of multiple myeloma. It is the second most often hemato-oncological disease affecting plasmatic cells. Formation and progression of multiple myeloma is not explained yet, but it is already known, that formation of disease is affected by genetic and epigenetic factors. Significant epigenetic modifications are DNA metylation and demetylation. Proteins affecting mostly active demetylation are called TET proteins and experimental part of my bachelor work is concerned to modification of these proteins. In experimental part, methylation changes in genes TET1, TET2 and TET3 were detected. Isolated DNA was cleaved by using restriction enzymes MspI and HpaII and subsequently analyzed by using real-time PCR for the presence of methylation and hydroxymethylation. Methylation changes were significantly proved in the gene TET3. Methylation changes were not detected in the gene TET1. In second step of experimental part relative quantification of expression of genes TET1, TET2 and TET3 was performed. For expression analysis reference gene -2-mikroglobulin was used. In case of genes TET2 and TET3, where metylation changes were proved in previous step, less level of expression was detected.

Keywords

mnohočetný myelom, proteiny TET, metylace, hydroxymetylace, 5-mC, 5-hmC

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 2. 5. 2018

Thesis defence

• Supervisor: Ing. Kateřina Smešný Trtková, CSc.

PALACKÝ UNIVERSITY OLOMOUC

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology