Evoluce genové rodiny protoonkogenu p21ras

Bc. Lucie KRYBUSOVÁ

Diplomová práce

Evolution of the gene family of the protooncogene p21ras

Anotace:

Diplomová práce se zabývá evolucí RAS rodiny v rámci živočichů a má za cíl vytvořit vyrovnaný průřez celou živočišnou říší na základě momentálně dostupných dat. Dále se zaměřuje na oblast evolučních vztahů organismů na základě genomové analýzy a pojednává o oblastech, které jsou s tímto vědeckým odvětvím spjaty. Teoretická část se zaobírá problematikou protoonkogenů a jejich přeměnu na onkogeny, dále obecně pojednává o genetické informaci (genomu) organismu, práci s ním, historii jeho sekvenování, využití genomových sekvencí v praxi a jejich uchovávání a zpřístupňování pro veřejnost. Další kapitola se zaměřuje na GTPázy, prioritně na RAS rodinu, jejíž zkoumání je primární náplní této práce, její rozdělení, složení proteinů a jejich vlastnosti a funkce. Následně je zpracována část, která pojednává o vývoji a současném stavu fylogeneze živočichů. Praktická část je zaměřena na postup získávání genetických informací z genomových databází, které poskytují volně dostupné osekvenované části genomů i genomy celé a od nich odvozené proteinové sekvence. Metodika vysvětluje, jak v těchto databázích hledat geny nebo proteiny, které jsou předmětem vlastního výzkumu, ukazuje zpracování těchto vybraných proteinů a jejich opravu. Nakonec je pomocí specializovaného programu vytvořen fylogenetický strom z vybraných dat a je diskutováno jeho srovnání s nejaktuálnějšími fylogenetickými predikcemi evolučních vztahů mezi organismy v rámci živočišné říše.

Abstract:

This master thesis deals with the evolution of the RAS family of the animals and aims to create a balanced cross-section of the entire animal kingdom on the basis of currently available data. It furthermore focuses on evolutionary relationships of organisms based on genomic analyses and discusses the areas that are linked with these scientific fields. The theoretical part deals with the issue of protooncogenes and how they transform to oncogenes, with genetic information (genome) of an organism and how biology works with it, with the history of genome sequencing, and with using genomic sequences in practice and their preservation and availability to the public. The next chapter focuses on GTPases, primarily on the RAS family, whose research is the primary concern of this work, and on its distribution, composition of proteins and their properties and functions. The subsequent part deals with the development and current understanding of animal phylogeny. The practical part is focused on the process of obtaining genetic information from genome databases providing freely available sequenced genome sequences and the derived protein sequences. The part ?Methods? explains how to search these databases for genes or proteins that are a subject for research, shows the processing of selected protein sequences and their validation and correction. Finally, using a specialized program a phylogenetic tree of selected data is created and its comparison with the most recent phylogenetic predictions of evolutionary relationships among organisms in the animal kingdom is discussed.

Klíčová slova

protoonkogeny, genom, genomové databáze, GTPázy, RAS rodina, oprava sekvencí, fylogenetická analýza

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 26. 7. 2013

Zveřejnit od: 26. 7. 2013

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 26. 8. 2013
• Vedoucí: Mgr. Marek Eliáš, Ph.D.

OSTRAVSKÁ UNIVERZITA V OSTRAVĚ

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biologie / Systematická biologie a ekologie