Transcription termination of nonpolyadenylated transcripts

Fruzsina Hóbor, M.Sc.

Disertační práce

Anotace:

Tato dizertační práce je zaměřená na strukturní a funkční studie terminace transkripce nekódujících RNA transkribovaných RNA polymerázou II. Tyto nekódující RNA hrají zásadní úlohu v mnoha procesech a i přes jejich množství a význam je o procesu terminace jejich transkripce známo velmi málo. V kvasinkách je terminace transkripce nekódujících RNA zprostředkována komplexem proteinů Nab3-Nrd1. Cílem mé práce bylo objasnit vznik komplexu Nab3-Nrd1 a jeho zapojení do terminace transkripce a přispět tak k pochopení celého procesu. V této práci také uvádím naše poznatky o rozpoznávání asymetricky dimethylovaného argininu v C-terminální doméně lidské RNA polymerázy II Tudor doménou proteinu TDRD3. Téma a zaměření práce jsou krátce uvedeny v kapitolách 1 a 2. Kapitola 3 obsahuje teoretický úvod popisující různé mechanismy terminace transkripce, rozdílné RNA vazebné domény a také teoretický úvod ke dvěma hlavním metodám použitým při zpracování této práce: nukleární magnetické rezonance a fluorescenční anisotropie. Kapitola 4 obsahuje popis použitého materiálu a metod. Kapitola 5 shrnuje dosažené výsledky: podkapitola 5.1 podrobněji popisuje publikované i nepublikované výsledky o terminačním komplexu Nab3-Nrd1; podkapitola 5.2 stručně uvádí naši publikaci o rozpoznávání asymetricky dimethylovaného argininu doménou Tudor proteinu TDRD3.

Abstract:

This Ph.D. thesis is focused on our structural and functional studies regarding the transcription termination of non-coding transcripts of RNA polymerase II. These non-coding RNAs play essential role in many processes. Despite their importance and abundance, little is known about their transcription termination and processing. In yeast the transcription termination of non-coding RNAs is mediated by the Nab3-Nrd1 complex. The purpose of my PhD work was to obtain better understanding of the assembly of Nab3-Nrd1 complex and its involvement in the termination process. In the thesis I also introduce our results regarding the recognition of an asymmetrically dimethylated arginine found in C-terminal domain of human RNA polymerase II by the Tudor domain of TDRD3 protein. The topic and motivation of the work are shortly introduced in Chapter 1 and 2, respectively. Chapter 3 presents theoretical introduction both to the biological background, introducing the different pathways of transcription termination and various RNA binding domains; and the theoretical background to the two main methods used in this thesis: nuclear magnetic resonance and fluorescence anisotropy. Chapter 4 provides a description of the materials and methods. In Chapter 5 I summarize the results I achieved during my PhD study. Subchapter 5.1 deals with our published and unpublished results regarding the Nab3-Nrd1 system, while Subchapter 5.2 shortly introduces our publication concerning the recognition of asymmetrically dimethylated arginine by Tudor domain of TDRD3.

Keywords

RNA, NMR, transcription termination, noncoding RNA, RNA protein interaction, protein-protein interaction, terminace transkripce, nekódující RNA, protein- RNA interakce, protein-protein interakce)

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 30. 4. 2013

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 27. 5. 2013
• Vedoucí: doc. Mgr. Richard Štefl, Ph.D.
• Oponent: Mgr. PharmDr. Peter Lukavsky, Dr. rer. nat., Mgr. Kvido Stříšovský, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Doktorský studijní program / obor:
Biochemie (čtyřleté) / Biomolekulární chemie