Genetické aspekty domestikačního znaku pukavosti lusku u hrachu

Bc. Lucie Čevelová

Diplomová práce

Genetic Aspects of the domestic character of pod dehiscence of Pea

Anotace:

Cílem diplomové práce je studium genetické podstaty významného domestikačního znaku pukavosti lusku. Analyzovány byly dva druhy hrachu, kulturní hrách s nepukavými lusky JI92 (Pisum sativum subsp. sativum) a planý hrách s pukavými lusky JI64 (Pisum sativum subsp. elatius). Reciprokým křížením těchto dvou linií byly vytvořeny rekombinantní inbrední linie (RILs), z celkových 134 RILs linií bylo vybráno 9 kontrastních linií. V rámci služby jsme využili masivně paralelní sekvenování 3' konců cDNA, získaná reverzní transkripcí mRNA, která byla izolována ze švů lusků. Díky této metodě byly vygenerovány 3 kandidátní geny. Následně jsme zjišťovali expresi těchto tří kandidátních genů pro pukavost pomocí kvantitativní Real-Time PCR (RT-qPCR). Amplifikační křivky a hodnody Ct vygenerované z průběhu RT-qPCR byly následně použity pro vytvoření grafů, které slouží pro zobrazení míry exprese kandidátních genů. Jako nejvhodnější kandidát byl zvolen gen Ps15, který je u hrachu přítomen v LGIII v oblasti Dpo1, a proto by mohl být zodpovědný za pukavost lusku.

Abstract:

The aim of this thesis is the study of the genetic substance of the important domestication sign pod dehiscence. Two types of pea were analyzed, with indehiscence pods JI92 (Pisum sativum subsp. sativum) and wild field pea with dehiscent pods JI64. (Pisum sativum subsp. elatius). By reciprocal crossbreeding of these two lines, were created recombinant inbred lines (RILs), of a total of 134 RILs lines were selected with 9 contrast lines. We utilized the massive parallel sequencing of the 3'ends of the cDNA, obtained by reverse transcription of mRNA isolated from the seam. Thanks to this method, 3 candidate genes were generated. Subsequently, we determined the expression of these three candidate genes for the using quantitative Real-Time PCR (RT-qPCR). Amplification curves and Ct values generated from the RT-qPCR were subsequently used to generate graphs to show the degree of expression of the candidate genes. The most suitable candidate was the Ps15 gene, which is present in LGIII in the Dpo1 region, and therefore could be responsible for pod dehiscence.

Klíčová slova

Pisum sativum L., domestikace, kandidátní geny, RT-qPCR, pukavost

Keywords

Pisum sativum L., domestication, candidate genes, RT-qPCR, pod dehiscence

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 11. 5. 2017

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 29. 5. 2017
• Vedoucí: Ing. Pavel Hanáček, Ph.D.
• Oponent: Michaela Ludvíková, externi

Mendelova univerzita v Brně

Agronomická fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Fytotechnika / Biotechnologie rostlin