Analýza a charakteristika vybraných polymorfních mikrosatelitů z řádu tučňáci a konzervovaných ptačích mikrosatelitů u čápa bílého (Ciconia ciconia)

Bc. Barbora MACKOVÁ

Master's thesis

The analysis and characterization of selected polymorphic microsatellites from order Sphenisciformes and conserved avian microsatellites in White Stork (Ciconia ciconia).

Abstract:

Tato diplomová práce se zabývá analýzou a charakteristikou vybraných polymorfních mikrosatelitů z řádu tučňáci a univerzálních ptačích mikrosatelitů, které byly nalezeny prostřednictvím cross-species PCR amplifikace u čápa bílého (Ciconia ciconia). V teoretické části této práce byla popsána charakteristika čápa bílého. Další kapitoly jsou věnované obecné charakteristice mikrosatelitů, mikrosatelitům izolovaných od druhů z řádu tučňáci a v neposlední řadě jsou zde uvedeny univerzální ptačí mikrosatelity. V experimentální části jsem metodou cross-species PCR amplifikace analyzovala polymorfní mikrosatelity, původně nalezené u druhů z řádu tučňáci a univerzální ptačí mikrosatelity, které byly označeny v bakalářské práci (Gajdošíková, 2020) jako polymorfní. Patnáct párů primerů amplifikovalo na 23 nepříbuzných jedincích čápa bílého polymorfní produkt se dvěma až čtyřmi alelami. Tyto polymorfní lokusy jsem genotypovala a charakterizovala jejich populačně-genetické vlastnosti a všechny dvojice otestovala na možnou vazbu, jeden mikrosatelitní lokus CAM11 byl nalezen jako vázaný na pohlaví.

Abstract:

This master thesis deals with the analysis and characterization of selected polymorphic microsatellites from the order of penguins and universal avian microsatellites, which were found through cross-species PCR amplification in the white stork (Ciconia ciconia).The characteristics of the white stork were described in the theoretical part of this work. Other chapters are devoted to the general characteristics of microsatellites, microsatellites isolated from species of the order penguins, and last but not least, universal avian microsatellites are presented here. In the experimental part, I used the cross-species PCR amplification method to analyze polymorphic microsatellites, originally found in species from the order of penguins and universal avian microsatellites, which were marked as polymorphic in the bachelor's thesis of Gajdošíková (2020). Fifteen primer pairs amplified a polymorphic product with two to four alleles in 23 unrelated white stork individuals. I genotyped these polymorphic loci and characterized their population-genetic properties and tested all pairs for possible linkage, one microsatellite locus CAM11 was found to be sex-linked

Keywords

čáp bílý, Ciconia ciconia, mikrosatelit, tučňáci, univerzální ptačí mikrosatelity, cross-species PCR amplifikace

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 28. 4. 2023

Thesis defence

• Supervisor: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Master programme / field:
Molecular and Cell Biology / Molecular and Cell Biology