Výskyt lidských adenovirů v biologických vzorcích dýchacích cest u pacientů FN MOTOL

Veronika NOVÁKOVÁ

Bachelor's thesis

Detection of human adenoviruses from the respiratory samples from the patients of Motol University Hospital

Abstract:

Lidské adenoviry se vyskytují celosvětově a způsobují endemické a epidemické one-mocnění. Adenovirové infekce jsou spojeny s vysokou morbiditou a mortalitou zejména u pediatrických příjemců krvetvorných kmenových buněk. Bakalářská práce se zabývá srovnáním komerční a in-house soupravy na detekci lidských adenovirů. Cílí na zlepšení diagnostiky adenovirových infekcí ve Fakultní nemocnici v Motole, především u imunokompromitovaných pacientů, kde je včasná a přesná diagnostika důležitá. Teoretická část práce obsahuje charakteristiku adenovirů, jejich klinické projevy a ne-moci a využití při experimentální léčbě. Praktická část práce je zaměřená na screening vzorků dýchacích cest pomocí kvantitativní in-house soupravy a její porovnání s dříve provedenou detekcí pomocí komerční soupravy Anyplex TM II RV16. Přítomnost adenovirů byla testována v 1881 vzorcích od 1420 pacientů s příznaky respirační infekce pomocí real-time PCR. Celkem se adenovirus podařilo detekovat ve 187 vzorcích (9,9%) od 169 pacientů (11,9%). Sto vzorků (53,5%) bylo pozitivních oběma metodami, 26 (13,9%) jen pomocí komerční detekce a 61 (32,6%) pozitivních pouze in-house metodou. Adenoviry byly nejčastěji detekovány na Pediatrické klinice, Klinice dětské hematoonkologie, dále také u dospělých imunosuprimovaných pacientů z III. chirurgické kliniky a Kliniky anesteziologie, resuscitace a intenzivní medicíny. U všech pozitivních vzorků byla provedena následně sekvenace hypervariabilního úseku 1-6 hexonového genu přičemž reprezentativní sekvenci k identifikaci se nám podařilo získat u 70 vzorků. Nejčastěji byly detekovány genotypy C2 (25,7 %), A31 (24,3 %), B3 (15,7 %) a C1 (11,4 %). Z 26 vzorků pozitivních pouze soupravou Anyplex TM II RV16, se podařila sekvenace u 3 vzorků, které byly identifikovány jako genotyp B3, naopak v případě vzorků pozitivních pouze in-house soupravou bylo z 61 vzorků identifikováno 15 vzorků jako genotyp A31 a 3 vzorky jako AdV skupiny C. Srovnání souprav ukazuje na nedostatečnou citlivost komerční soupravy Anyplex TM II RV16 pro detekci adenovirů.

Abstract:

Human adenoviruses are world-wide pathogens causing endemic and epidemic outbre-aks of disease. Adenoviral infections are related with high morbidity and mortality especially among the paediatric allogeneic haematopoietic stem cell recipients. Presented work is comparing the commercial and in-house assay for detection of the adenoviruses to improve the diagnostics of these viruses in Motol University Hospital, especially among the immunocompromissed patients, in which is the rapid and precise detection highly important. Theoretical part of work presents the characteristics of adenoviruses, clinical symptoms and diseases of the adenoviral infection, their use in the experimental therapy. Practical part is aiming the screening of the respiratory tract samples with quantitative in-house test and comparing of the results with previously performed detection by commercial Anyplex TM II RV16 test. Detection of adenoviruses was performed in 1,881 samples from 1,420 patients with symptoms of respiratory tract infection by real-time PCR. In total, adenovirus was detected in 187 samples (9.9%) from 169 patients (11.9%). One hundred samples (53.5%) was positive by both methods, 26 (13.9%) with commercial detection only and 61 (32.6%) was positive only with in-house assay. Most frequently, adenoviruses were detected among the patients from Dept. of Paediatrics, Dept. of Paediatric Haematology and Oncology and from adult patients from 3rd Dept. of Surgery and Dept. of Anaestesiology, resuscitation and intensive medicine. In all positive samples, subsequent sequence analysis of hypervariable part of 1-6 hexon gene was performed and representative sequence for identification was obtained in 70 samples. Most frequently detected adenovirus genotypes were C2 (25.7 %), A31 (24.3 %), B3 (15.7 %) a C1 (11.4 %). From 26 samples positive by Anyplex TM II RV16, only 3 samples were identified (all as genotype B3). Contrary, among 61 positive samples detected only with in-house assay, 15 samples were identified as genotype A31 and 3 as AdV from group C. Our results shows the lower sensitivity of the commercial test in detection of adenoviru-ses.

Keywords

Lidský adenovirus, DNA viry, hexon, real-time PCR, sekvenace

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 11. 8. 2020

Thesis defence

• Supervisor: Mgr. Miroslav Zajac

UNIVERSITY OF SOUTH BOHEMIA IN ČESKÉ BUDĚJOVICE

Faculty of Health and Social Sciences

Bachelor programme / field:
Specialization in Health Service / Zdravotní laborant