Optimalizace a validace stanovení proteinu FGF23 z FFPE řezu.

Bc. Klára BROŽOVÁ

Master's thesis

Optimization and validation of FGF23 protein assay in FFPE samples

Anotácia:

Problematika využití hmotnostní spektrometrie (MS) jako moderní vyšetřovací metody v proteomice je v současnosti velmi aktuální. Ve své práci jsem vypracovala obecný přehled problematiky spojené s využitím hmotnostního spektrometru v identifikaci proteinů a v praktické části jsem se zaměřila konkrétně na detekci proteinu FGF23 pomocí hmotnostního spektrometru. FGF23 protein je nadměrně exprimován v tkáních zhoubných nádorů, což z něj činí předmět odborného zájmu jako potencionálního onkomarkeru. Cílem práce bylo experimentálně optimalizovat a validovat přítomnost FGF23 proteinu z FFPE řezu pomocí MS analýzy. V dostupné literatuře dosud nebyla publikována detekce FGF23 proteinu pomocí MS analýzy. Rovněž správné nastavení hmotnostního spektrometru je jedna ze základních podmínek, která musí být splněna pro jeho využití v proteomice. Po opakované korekci parametrů MS spektrometru byla v rámci provedeného cíleného experimentu prokázána přítomnost 39 % peptidů včetně prekurzorových i dceřinných fragmentů odpovídající FGF23 rekombinantnímu proteinu pomocí cílené MS analýzy.

Abstract:

The issue of using mass spectrometry (MS) as a modern examination method in proteomics is currently very topical. In my work I developed a general overview of the problems associated with the use of mass spectrometry in the identification of proteins and in the practical part I focused specifically on the detection of FGF23 protein using a mass spectrometer. The FGF23 protein is overexpressed in cancer tissues, making it of interest as a potential oncomarker. The aim of the work was to experimentally optimize and validate the presence of FGF23 protein from FFPE section using MS analysis. Detection of FGF23 protein by MS analysis has not been published in the available literature. Also, the correct setting of the mass spectrometer is one of the basic conditions that must be performed for its use in proteomics. After repeated correction of the MS spectrometer parameters, the presence of 39 % of peptides, including precursor and daughter fragments corresponding to FGF23 recombinant protein, was demonstrated in the targeted experiment by targeted MS analysis.

Kľúčové slová

FGF23 protein, hmostnostní spektrometrie, cílená proteomika

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 30. 4. 2021

Obhajoba závěrečné práce

• Vedúci: Mgr. Tomáš Oždian, Ph.D.

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Biology / Molecular and Cell Biology