Three dimensional structure determination of a biopolymer using molecular dynamics and experimental restraints measured in isotropic media and oriented phases – Mgr. Josef Chmelík, Ph.D.
Mgr. Josef Chmelík, Ph.D.
Doctoral thesis
Three dimensional structure determination of a biopolymer using molecular dynamics and experimental restraints measured in isotropic media and oriented phases
Three dimensional structure determination of a biopolymer using molecular dynamics and experimental restraints measured in isotropic media and oriented phases
Abstract:
Cílem této práce bylo zavést metody pro určování struktur bílkovin z NMR dat v naší laboratoři. Mým úkolem bylo vyhledat stávající nástroje určené k vyhodnocení strukturních informací ze spekter, použít tato experimentální data k výpočtu struktur bílkovin a upravit tyto nástroje k zahrnutí zbytkových dipolárních interakcí do výpočtu. Dalším cílem této práce bylo otestovat uvedené metody pro stanovení …moreAbstract:
The goal of this study was to introduce methods for the structure calculation of proteins from the NMR data in our laboratory. This included a search for existing tools designed to extract structural information from the spectra, preparation of these structural restraints for the structure calculations, and modification the available tools to utilize residual dipolar couplings in the structure refinement …more
Language used: English
Date on which the thesis was submitted / produced: 27. 8. 2009
Identifier:
https://is.muni.cz/th/hctzy/
Thesis defence
- Date of defence: 24. 9. 2009
- Supervisor: prof. RNDr. Vladimír Sklenář, DrSc.
- Reader: doc. Ing. Richard Hrabal, CSc., RNDr. Jan Lang, Ph.D.
Citation record
ISO 690-compliant citation record:
CHMELÍK, Josef. \textit{Three dimensional structure determination of a biopolymer using molecular dynamics and experimental restraints measured in isotropic media and oriented phases}. Online. Doctoral theses, Dissertations. Brno: Masaryk University, Faculty of Science. 2009. Available from: https://theses.cz/id/cwbacx/.
Full text of thesis
Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:- světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakultaMasaryk University
Faculty of ScienceDoctoral programme / field:
Biochemistry (4-years) / Biomolecular Chemistry
Theses on a related topic
-
Interakce jatrorrhizinu se specifickým oligonukleotidem
Martin Novák -
Strukturní role elektrostatických interakcí v C-terminální doméně podjednotky delta RNA polymerasy bakterie Bacillus subtilis
Hana Štégnerová -
Vliv experimentální chyby měřených zbytkových dipolárních interakcí na výpočet struktur proteinů
Milan Zachrdla -
Vliv iontové síly na zbytkovou strukturu C-terminální domény pojednotky delta RNA polymerázy bakterie Bacillus subtilis
Hana Štégnerová -
Application of Residual Dipolar Couplings (RDC) for the Study of Constitution, Conformation and Enantiodiscrimination of Thiacalix[4]arene Derivatives
Markéta Tichotová -
Nucleation of water and argon in supersonic molecular beams by the molecular dynamics method
Martin Klíma -
Molekulová dynamika dvou řetězců hyaluronanu ve směsných rozpouštědlech (virtuální experiment)
Alena Kolaříková -
Molecular Modelling of Structure-Function Relationships in Enzymes
David Bednář