Porovnání molekul proteinů za pomoci výpočtů technologie CUDA grafických karet nVidia

Mgr. Tomáš Došek

Bachelor's thesis

Comparison of protein molecules optimized to take advantage of CUDA-enabled graphical cards from nVidia

Abstract:

V této práci se zabývám metodami porovnáním proteinových struktur a základním principům paralelizace výpočetních úloh, které mohou být k porovnání takovýchto struktur použity. Dále se v této práci věnuji návrhu algoritmu vhodného pro aplikaci jak na klasickém procesoru, užívaném například ve stolních počítačích, tak i pro aplikaci na výpočetní prostředí moderních grafických karet od výrobce NVIDIA. Součástí této práce je také vyhotovení programu v jazycích Java a C++ CUDA, který je na přiloženém CD nosiči.

Abstract:

In this thesis I describe methods of protein structure alignment and basic principles of parallelization of computing taks that can be used for calculation of protein structure alignments. I also propose an algorithm that can be easily implemented both on classic control processing unit used, for instance, in ordinary desktop computers, but also in the computing environment of modern graphic cards made by manufacturer NVIDIA. As a part of this thesis I also developed a computer programme written in languages Java and C++ CUDA, included on the attached CD medium.

Keywords

protein, zarovnání proteinů, CUDA výpočet, semiglobální zarovnání, globální zarovnání, paralelizace výpočtů, PDB

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 18. 5. 2011

Thesis defence

• Date of defence: 21. 6. 2011
• Supervisor: Ing. Matej Lexa, Ph.D.
• Reader: doc. RNDr. Radka Svobodová Vařeková, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / field:
Applied Informatics / Applied Informatics