Analysis of Whole Slide Imaging Anonymity

Bc. Jan Čech

Diplomová práce

Anotace:

Techniky strojového učení jsou v posledních letech používány k analýze biologických dat. Protože biologická data, a zejména klinická data, jsou považována za citlivé údaje, vyvstává otázka, jakou právní ochranou opatřit sdílení dat mezi výzkumnými institucemi. Tato práce se zaměřuje na analyzování rizik identifikace nebo propojení s pacientem při sdílení obrazů ze speciálních skenerů umožňujících digitalizaci nasnímané tkáně, které se používají při patologickém výzkumu a histopatologických diagnózách v medicíně. Tato práce navrhuje možná rizika sdílení buď celých snímků, nebo jejich fragmentů - takzvaných dlaždic. Tato práce dále analyzuje možná rizika a představuje víceré experimenty pro propojení dlaždic s konkrétní osobou.

Abstract:

In recent years, machine learning techniques are being used for analyzing biological data. Since biological data, and especially medical data, are considered sensitive from a privacy protection perspective, this emerges a question on under what legal conditions is it possible to share them between research institutions. This thesis focuses on analyzing the risks of re-identifying or linking data when sharing so-called whole slide images as a part of pathology research in medicine. Whole slide images are scans of tissue created by a special scanner in histopathological diagnosis or research. This thesis proposes some possible risks of sharing either whole images or just their fragments - so-called tiles. This thesis further analyzes the possible risks and presents multiple experiments for linking tiles together with a specific person.

Keywords

Whole Slide Images, Anonymity, Machine Learning, Neural Networks, Image processing

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 18. 5. 2021

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 24. 6. 2021
• Vedoucí: doc. RNDr. Petr Holub, Ph.D.
• Oponent: Dr. Luca Pireddu

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Magisterský studijní program / obor:
Informatika / Informační systémy