Konformační vlastnosti molekul DNA obsahující varianty motivu (GA)n

Mgr. Rostislav Turek

Bakalářská práce

Conformational properties of DNA containing variations of the motif (GA)n

Anotace:

Střídavá sekvence (GA)n se hojně vyskytuje v genomech vyšších eukaryot v oblastech regulujících transkripci. Je vyjimečná tím, že tvoří několik uspořádaných struktur. Její konformace je jedním z nástrojů vyjádření informace uložené v primární struktuře DNA. Mikrosatelity (GAGT)n, (GACA)n a (GAGC)n jsou variacemi motivu (GA)n, které se také nacházejí v genomech eukaryot a jejich strukturní vlastnosti byly srovnánány ke střídavé sekvenci GA. Mikrosatelit (GAGT)5 se svým chováním nejvíce podobal motivu (GA)n. Mikrosatelitu (GACA)5 se v kyselém prostředí protonizoval cytozin a vytvořil se paralení duplex s C+.C páry. V ostatních prostředích žádné uspořádané struktury netvořil. (GAGC)5 se nacházel ve velmi stabilní vlásence. Jen působení iontové síly vyvolala přechod do duplexu.

Abstract:

Alternating (GA)n sequences are abundant in eucaryotic genomes. They exhibit exceptional conformational polymorphism. Its conformation is one of the way how to express information from the primary structure of DNA. Microsatellites (GAGT)n, (GACA)n and (GAGT)n are the variants of the motif (GA) and they also present in eukaryotic genomic DNA. Their conformational properties were compared with alternating (GA)n sequence. Conformational behaviour of microsatellite (GAGT)5 was similar to (GA)n. Cytozines of microatellite (GACA)5 were protonated in acidic pH and lead to formation of parallel duplex containing C+.C pairs. This motif did not form any other structures. The motif (GAGC)5 adopts a very stable hairpin, only increasing ionic strength induced a transition to homoduplex.

Klíčová slova

DNA, konformace/DNA, conformation, –, mikrosatelity/microsatellites, CD, spectroskopie/CD, spectroscopy

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 5. 1. 2007

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 9. 2. 2007
• Vedoucí: RNDr. Iva Kejnovská, CSc.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Fyzika / Biofyzika