Vyšetření polymorfismu genu STAT6 metodou PCR-RFLP

Markéta VADLEJCHOVÁ

Bakalářská práce

Analysis of STAT 6 gene polymorphism by PCR-RFLP method

Anotace:

Tato práce se zabývá problematikou alergií, především těch potravinových, které mají negativní dopad na celkovou kvalitu života a jejichž prevalence se ve vyspělých zemích neustále zvyšuje. Reakce na některé potravinové alergeny mohou dokonce ohrožovat život postižených osob. Mezi takové alergeny patří např. ořechy a arašídy. Na vznik alergií mají vliv nejen faktory vnějšího prostředí, ale také individuální genetická výbava konkrétního jedince. Klíčovým regulátorem alergických onemocnění je lidský gen STAT6, který se nachází na 12. chromozomu. V tomto genu již bylo identifikováno mnoho polymorfismů, jedním z nich je SNP G/A na pozici 2964 nacházející se v 3´-netranslatované oblasti (rs324015). Pro vyšetření tohoto polymorfismu byly odebrány vzorky DNA od celkem 25 osob z České republiky, z nichž 16 trpělo alergií na ořechy nebo arašídy. Z těchto vzorků byla provedena izolace DNA a následně PCR-RFLP. Poté byla provedena elektroforéza a byly zjištěny jednotlivé genotypy. Z některých izolátů bylo provedeno také sekvenování, které potvrdilo výsledky získané použitím PCR-RFLP. Genotyp A/A byl zjištěn u 4 %, A/G u 56 % a G/G u 40 % vyšetřených osob, frekvence alel tedy byla 0,32 pro A a 0,68 pro G. Frekvence alely G byla vyšší u osob, u nichž se alergie na ořechy a arašídy nevyskytovala.

Abstract:

This work deals with the issue of allergies, especially food allergies which have a negative impact on the overall quality of life and whose prevalence is constantly increasing in developed countries. Reactions to some food allergens can even be life-threatening. Such allergens include, for example, nuts and peanuts. The development of allergies is influenced not only by environmental factors, but also by the individual genetic makeup of a particular individual. A key regulator of allergic diseases is the human STAT6 gene that is located on chromosome 12. Many polymorphisms have already been identified in this gene, one of which is the G/A SNP at position 2964 located in the 3´-untranslated region (rs324015). To analyze this polymorphism, DNA samples were taken from a total of 25 people from the Czech Republic, 16 of whom suffered from nut or peanut allergies. DNA isolation was performed from these samples and followed by PCR-RFLP. Electrophoresis was then performed, and individual genotypes were determined. DNA sequencing was also performed from some isolates to confirm the results obtained using PCR-RFLP. Genotype A/A was found in 4 %, A/G in 56 % and G/G in 40 % of examined persons; the frequency of alleles was 0.32 for A and 0.68 for G. The frequency of allele G was higher in people who had no allergies to nuts and peanuts.

Klíčová slova

STAT6, polymorfismus, PCR, PCR-RFLP, potravinová alergie, rs324015

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 11. 8. 2020

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: Ing. Tomáš Nix, Ph.D.

JIHOČESKÁ UNIVERZITA V ČESKÝCH BUDĚJOVICÍCH

Zdravotně sociální fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Specializace ve zdravotnictví / Zdravotní laborant