Analýza a charakteristika polymorfních cross-species mikrosatelitů pro determinaci paternity u slavíka obecného (Luscinia megarhynchos)

Mgr. Eva JISKROVÁ

Diplomová práce

The analysis and characterization of polymorphic cross-species microsatellites for determination of paternity in nightingale (Luscinia megarhynchos)

Anotace:

Genetické markery jsou v současné době asi nejpoužívanějšími nástroji při charakteristice jednotlivců i populací. Mezi takové markery patří i mikrosatelity. V teoretické části diplomové práce jsem se zabývala popisem mikrosatelitů a jejich využitím, cross-species amplifikací a využitím pohlavně vázaných markerů při determinaci pohlaví ptáků. Do teoretické části jsem také zahrnula charakteristiku slavíka obecného (Luscinia megarhynchos) a věnovala jsem se přehledu vědeckých studií, které se zabývaly rodem Luscinia a ve kterých byly použity genetické markery. V praktické části práce jsem se zaměřila na testování a charakteristiku cross-species mikrosatelitů u slavíka obecného. Vyzkoušela jsem celkem 71 mikrosatelitových lokusů popsaných u blízce příbuzných druhů, z nichž 32 poskytovalo polymorfní produkt a bylo možné je genotypovat na 24 jedincích a charakterizovat pomocí statistického programu Cervus 3.0.3. Čtyři lokusy byly vázané na pohlaví, konkrétně na chromozom Z. Nakonec jsem vybrala 4 polymorfní cross-species lokusy, které by byly vhodné pro analýzu paternity u slavíka obecného.

Abstract:

Genetic markers are the most used tools for a characteristic of individuals or populations in recent years. Microsatellites belong to these markers. In the theoretical part of my diploma thesis, I was concerned with a description and utilisation of microsatellites, cross-species amplification, and with a usage of sex-linked loci for a determination of the avian sex. I also added the nightingale description and summary of scientific studies dealt with Luscinia spp. and genetic markers in the theory. In the practical part, I focused on a testing and characterization of cross-species microsatellites in the nightingale. In the sum, I tested 71 microsatellite loci described in closely related species. 32 microsatellites amplified the polymorphic product and I could genotyping them in 24 individuals and characterized them by the statistical program Cervus 3.0.3. Four loci were sex-linked on the Z chromosome. At the end, I chose 4 polymorphic cross-species loci, which could be useful in the paternity analysis in the nightingale.

Klíčová slova

mikrosatelity, cross-species amplifikace, paternita, slavík obecný, Luscinia

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 12. 5. 2011

Zveřejnit od: 12. 5. 2011

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 7. 6. 2011
• Vedoucí: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie