Korelace imunitních markerů nádoru se složením střevního mikrobiomu u kolorektálního karcinomu

Bc. Tereza Dianová

Bachelor's thesis

Correlation of tumour immune markers with composition of gut microbiome in colorectal carcinoma

Abstract:

The human body is inhabited by a large number of microorganisms, which together play an important role in human health. Long-term disruption of the microbial composition in the human gastrointestinal tract may affect the onset and progression of a malignant tumor, such as colorectal cancer. According to recent studies, there is an interaction between the intestinal microbiome and immune cells that may be responsible for the development of colorectal cancer. This bachelor thesis is focused on the observation of potential relationships between the microbial composition of the tumor and its immunity profile. The theoretical part contains information on colorectal cancer, intestinal microbiome, next generation sequencing, immunohistochemical staining and image analysis. The next section summarizes the theory of compositional data, their transformation and statistical testing, which were used in the subsequent analysis. The results indicate a statistically significant correlation of the intestinal microbiome of the tumor with the presence of various T lymphocytes and their tumor markers in colorectal cancer and its surroundings.

Abstract:

Lidské tělo je osidlováno velkým množstvím mikroorganismů, které společně hrají významnou roli v lidském zdraví. Dlouhodobé narušení mikrobiálního složení v gastrointestinálním traktu člověka může ovlivňovat vznik a progresi maligního nádorového onemocnění, kterým je kolorektální karcinom. Podle nejnovějších studií existuje vzájemná interakce mezi střevním mikrobiomem a imunitními buňkami, která může být odpovědná za vývoj kolorektálního karcinomu. Tato bakalářská práce je zaměřena na pozorování potenciálních vztahů mezi složením střevního mikrobiomu nádoru a jeho imunitním profilem. Teoretická část obsahuje informace o kolorektálním karcinomu, střevním mikrobiomu, sekvencování nové generace, imunohistochemickém barvení a analýze obrazu. V další části je shrnuta teorie o kompozičních datech, jejich transformaci a statistickém testování, které byly použity při následné analýze. Výsledky práce poukazují na statisticky významnou korelaci střevního mikrobiómu nádoru s přítomností různých T lymfocytů a jejich nádorových markerů v kolorektálním karcinomu a jeho okolí.

Keywords

Kolorektální karcinóm, Mikrobiom, Imunitní markery, Kompoziční data, Colorectal cancer, Microbiome, Immune markers, Compositional data

Language used: Slovak

Date on which the thesis was submitted / produced: 16. 6. 2020

Thesis defence

• Date of defence: 3. 7. 2020
• Supervisor: Mgr. Eva Budinská, Ph.D.
• Reader: RNDr. Petra Šplíchalová, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Experimental Biology / Mathematical Biology