Semi-Automatic Fusion of Multiple Cell Tracking Annotations

Bc. Anna Zhukova

Diplomová práce

Anotace:

K migrácii buniek dochádza počas vývoja mnohobunkových organizmov alebo obnovy tkaniva. Sledovaním buniek sa ľudstvo môže dozvedieť viac o základných biologických procesoch, regeneratívnej medicíne, hojení rán a chorobách, ako je napríklad rakovina. Sledovanie buniek je však komplikovaná úloha, ktorá si od vedcov vyžaduje značné množstvo času a úsilia. Vyvinutá rutina riadená analýzou obrazu poskytuje automatickú detekciu a poloautomatickú korekciu inkonzistencií medzi manuálnymi sledovacími anotáciami, a tým uľahčuje prípravu referenčných anotácií používaných v Cell Tracking Challenge, medzinárodne uznávanej súťaži zameranej na objektívne porovnávanie špičkových algoritmov pre sledovanie sledovania buniek.

Abstract:

Cell migration occurs during the development of multicellular organisms, tissue renewal, or repair. By tracking cells, humanity can learn more about fundamental biological processes, wound healing, and diseases such as cancer and regenerative medicine research. However, tracking cells is a complicated task that demands a considerable amount of time and effort from scientists. The developed image-analysis-driven routine for the automatic detection and semi-automatic correction of inconsistencies between manual tracking annotations facilitates the preparation of reference tracking annotations used in Cell Tracking Challenge, an internationally recognized competition focused on objective benchmarking of cutting-edge cell tracking algorithms.

Keywords

C++, CBIA, image processing, cell tracking

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 16. 5. 2023

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 23. 6. 2023
• Vedoucí: doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D.
• Oponent: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Magisterský studijní program / obor:
Řízení softwarových systémů a služeb / Řízení vývoje služeb