Proteolytické štěpení v proteomice

Mgr. Markéta Mecerodová

Bachelor's thesis

Digestion in proteomics

Anotácia:

Předložená bakalářská práce je zaměřena na hodnocení optimalizace enzymatického štěpení na proteinovém vzorku s následnou LC-MS/MS analýzou. Enzymatické štěpení je důležitým krokem přípravy proteinového vzorku, jehož provedení ovlivňuje úspěšnost výsledku proteomické analýzy. V rámci práce byla ověřována metoda FASP, která využívá „cut-off“ filtrů k separaci peptidů od vysokomolekulárních látek, a testovanými enzymy byly kombinace enzymů trypsin a Lys-C. Jako zdroj proteinů byl využit modelový organismus rostlina Arabidopsis thaliana. Po vyhodnocování počtu identifikovaných proteinů a peptidů se ukázalo, že nejvhodnějšími variantami pro enzymatické štěpení je trypsin (18 hod) nebo kombinace Lys-C (4 hod) + Trypsin (14 hod).

Abstract:

This thesis focuses on the assessment of optimization of protein enzymatic digestion followed by subsequent LC-MS/MS analysis. Enzymatic digestion is an important step in the protein sample preparation as it influences the result of successful proteomic analysis. Within this work, Filter Aided Sample Preparation method (FASP), which utilizes cut-off filters to separate peptides from high molecular compounds, was verified and the tested enzymes were the combinations of trypsin and Lys-C. As the protein source, a model organism Arabidopsis thaliana was used. After the evaluation of identified proteins and peptides it was established that the most suitable option for enzymatic digestion was trypsin (18 hours) or a combination of Lys-C (4 hours) and Trypsin (14 hours).

Kľúčové slová

proteomika, protein, peptid, FASP, Arabidopsis thaliana, trypsin, proteolytické štěpení, proteomics, peptide, proteolytic digestion

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 18. 5. 2015

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 17. 6. 2015
• Vedúci: doc. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Biochemistry / Biochemistry