Mapování struktur současných chemických látek

Jan MACHÁŇ

Bachelor's thesis

Mapping of current chemical scaffolds

Anotácia:

Pojem scaffold se stává prominentním nástrojem v analýze velkých chemických dat, zejména pak v oblasti medicinální chemie. V této práci je popsán princip scaffoldu, jeho možné definice a využití v současných vědeckých článcích. Následně je provedena analýza využívající definici takzvaného Bemis-Murcko scaffoldu. V analýze jsou posléze chemická data získaná z databáze ChEMBL přiřazena státům světa s pomocí informací získaných prostřednictvím rozhraní PubMed. Zpracování dat a samotné mapování probíhá prostřednictvím několika workflow naprogramovaných v jazyce Python. Kód těchto workflow je detailně popsán a vysvětlen v této práci.

Abstract:

The concept of scaffolds is a very prominent tool in analysing big chemical datasets, notably popular in medicinal chemistry. The concept itself as well as some of its possible definitions and most recent papers using it is described in this thesis. This analysis uses Bemis-Murcko scaffold definition. Mapping of dataset originating from the ChEMBL database with help of PubMed is performed. Data is processed and analysed using workflows written in Python which are described in this thesis.

Kľúčové slová

bioinformatika, molekulová struktura, scaffold, geografie chemie, Python workflow, mapování

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 20. 5. 2021

Obhajoba závěrečné práce

• Vedúci: doc. RNDr. Karel Berka, Ph.D.

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Bachelor programme / odbor:
Biochemistry / Bioinformatics