Analýza polymorfních cross-species mikrosatelitů pro determinaci paternity u ibise hagedaše (Bostrychia hagedash)

Ivana Horáková

Bachelor's thesis

The analysis of polymorphic cross-species microsatellites for determination of paternity in Hadeda Ibis (Bostrychia hagedash)

Abstract:

Ve své bakalářské práci jsem se věnovala hledání polymorfních mikrosatelitových lokusů, které by se bylo možno použít pro analýzu paternity ibise hagedaše (Bostrychia hagedash) a také řešení literární problematiky, jak u řádu brodiví, tak i konkrétně u ibise hagedaše. Pro hledání mikrosatelitových markerů jsem použila metodu cross-species PCR amplifikace za využití celkem 340 párů primerů. Vzniklé amplikony jsem následně separovala v 6% polyakrylamidovém gelu za denaturačních podmínek pomocí elektroforézy. Vzniklé produkty separace jsem vizualizovala roztokem AgNO3. Páry primerů, které jsem testovala, byly izolovány z druhů ptáků z řádů brodiví (Ciconiiformes), plameňáci (Phoenicopteriformes), pelikáni (Pelicaniformes) a jiných. U zjištěných polymorfních mikrosatelitových lokusů jsem následně optimalizovala teplotu annealingu polymerázové řetězové reakce a čas elektroforetického dělení. Výsledkem mé práce bylo nalezení 38 polymorfních mikrosatelitových lokusů, u nichž jsem zjistila počet alel (počet alel se pohyboval od 2 do 4 alel na lokus) a heterozygotnost. Nejúspešnější cross-species amplifikace jsem zaznamenala u primerů odvozených z DNA ptáků z řádu brodiví (Ciconiiformes)

Abstract:

My bachelor thesis is focused on searching for polymorphic microsatellite loci, which would be used for paternity analysis hadada ibis (Bostrychia hagedash) and also address literary issues, as the order Ciconiiformes, and specifically in hadada ibis. To search for microsatellite markers was used method of cross-species PCR amplification using a total of 340 pairs of primers. I subsequently incurred by separating amplicons in 6% polyacrylamide gel using electrophoresis. Products resulting from the separation I visualizated AgNO3 solution. Primer pairs, which I tested, were isolated from birds of the order Ciconiiformes (Ciconiiformes), flamingos (Phoenicopteriformes), pelicans (Pelicaniformes) and others. The detected polymorphic microsatellite loci, I subsequently optimized annealing temperature of the polymerase chain reaction and electrophoretic separation time. The result of my work was to identify polymorphic microsatellite loci in 38, where I found the number of alleles (number of alleles ranged 2 to 4 alleles per locus) and heterozygosis. The most successful cross-species amplification with primers I've seen from DNA derived from the order Ciconiiformes birds

Keywords

mikrosatelity, cross-species PCR amplifikace, ibis hagedaš, brodiví

Keywords

microsatellites, cross-species PCR amplification, hadada ibis, Ciconiiformes

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 2. 8. 2010

Thesis defence

• Date of defence: 2. 9. 2010
• Supervisor: Petr Nádvorník
• Reader: Vladan Ondřej

Univerzita Palackého

Přírodovědecká fakulta

Bachelor programme / field:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie