Charakteristika polymorfních cross-species mikrosatelitů u pelikána afrického (Pelecanus rufescens) a pelikána kadeřavého (Pelecanus crispus)

Bc. Anna CHMELAŘOVÁ

Diplomová práce

Characteristics of polymorphic cross-species microsatellite in the Pink-backed pelican (Pelecanus rufescens) and the Dalmatian pelican (Pelecanus crispus)

Anotace:

Pelikán africký (Pelecanus rufescens) a pelikán kadeřavý (P. crispus) jsou zástupci řádu veslonozí (Pelecaniformes), u nichž dosud nebyly publikovány primery amplifikující polymorfní mikrosatelitové lokusy. V této diplomové práci jsem navázala na předchozí výzkum v Laboratoři populační genetiky na Katedře buněčné biologie a genetiky zahrnující bakalářské práce Dvořáková (2010) a Chmelařová (2010) a diplomové práce Ranochová (2008) a Mikulová (2010). U šesti nepříbuzných jedinců pelikána afrického a šesti nepříbuzných jedinců pelikána kadeřavého jsem otestovala polymorfizmus 47 mikrosatelitů odvozených od čápa východního (Ciconia boyciana), faetona žlutozobého (Phaethon lepturus), kormorána chocholatého (Phalacrocorax aristotelis) a volavky červenavé (Egretta rufescens). Znovu jsem vyzkoušela 77 párů primerů amplifikujících mikrosatelitové lokusy, které byly v předchozích bakalářských a diplomových pracích označeny jako nepolymorfní, ale byly polymorfní u pelikána bílého (P. onocrotalus) nebo skvrnozobého (P. philippensis). Se všemi polymorfními mikrosatelity, nalezenými v této práci i v předchozích bakalářských a diplomových pracích, jsem provedla genotypizaci u 12 nepříbuzných jedinců pelikána afrického a 41 jedinců pelikána kadeřavého. Získaná data jsem zpracovala pomocí statistických programů Cervus 3.0.3 a Genepop 4.1. Charakterizovala jsem celkem 51 polymorfních mikrosatelitů u pelikána afrického a 23 polymorfních mikrosatelitů, respektive 24 polymorfních mikrosatelitových lokusů u pelikána kadeřavého. Na základě genotypizační analýzy 41 jedinců jsem ověřila příbuzenské vztahy v chovné skupině pelikána kadeřavého v ZOO Dvůr Králové.

Abstract:

There have not been published any primers for amplification of polymorphic microsatellite loci in Pink-backed Pelican (Pelecanus rufescens) and Dalmatian Pelican (P. crispus). In this thesis, I have built on the previous research in the Laboratory of Population Genetics at the Department of Cell Biology and Genetics, including bachelor theses Dvořáková (2010) and Chmelařová (2010) and master theses Ranochová (2008) and Mikulová (2010). In six unrelated individuals Pink-backed Pelican and six unrelated individuals Dalmatian Pelican, I have tested polymorphism of 47 microsatellites derived from Oriental Stork (Ciconia boyciana), White-tailed Tropicbird (Phaethon lepturus), European Shag (Phalacrocorax Aristotelis) and Reddish Egret (Egretta rufescens). Again, I tried 77 primer pairs amplifying microsatellite loci, which were in the previous bachelor and master theses identified as non-polymorphic. These loci were polymorphic in Great White Pelican (P. onocrotalus) or Spot-billed Pelican (P. philippensis). I have carried out genotyping in 12 unrelated individuals Pink-backed Pelican and 41 individuals Dalmatian Pelican with all polymorphic microsatellites, found in this thesis and previous bachelor and master theses. The obtained data were processed using the statistical program Cervus 3.0.3 and Genepop 4.1. 51 polymorphic microsatellites in Pink-backed Pelican and 23 polymorphic microsatellites, respectively 24 polymorphic microsatellite loci in the Dalmatian Pelican were characterized. Based on genotyping analysis of 41 individuals I verified family relationships in a breeding group of Dalmatian Pelican in ZOO Dvur Kralove.

Klíčová slova

mikrosatelity, cross-species amplifikace, paternita, PCR, pelikán africký, pelikán kadeřavý, Pelecanus rufescens, Pelecanus crispus

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 24. 4. 2012

Zveřejnit od: 24. 4. 2012

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie