Kvantitativní analýza taxocenóz v programu R

Veronika PRIELOŽNÁ

Bakalářská práce

Quantitative analysis of taxocoenoses in R software

Anotace:

Kvantitativní analýza dat hraje klíčovou roli při testování hypotéz v ekologických výzkumech. Přestože existují různé softwary, pomocí kterých lze kvantitativně analyzovat ekologická data, stoupá obliba a využívanost programovacího jazyka a softwaru R. Analýza v softwaru R je ale pro začátečníky často obtížná na orientaci a časově náročná. V této práci jsem se zaměřila nejenom na vytvoření literární rešerše, týkající se moderních kvantitativních analýz základních parametrů pro vzorky taxocenóz, ale i na navržení funkcí v softwaru R, které dané analýzy provedou a výsledky graficky znázorní. Celkem jsem navrhla jedenáct funkcí, které z načtených dat vypočítávají druhovou pestrost a abundanci, dominanci a frekvenci druhů, indexy druhové pestrosti (Margalefův a Menhinickův index), indexy druhové diverzity a ekvitability pro dané indexy (Shannonův, Simpsonův a Brillouinův index) a indexy podobnosti (Jaccardův, Renkonenův, S?rensenův a Bray-Curtisův index).

Abstract:

Quantitative analysis of ecological data is substantial for recent ecological research. Despite various analytical software being available (free or proprietary) on websites, there is a significant increase in the R language and software popularity. On the other hand, the analyses in R software are often considered as difficult and time-consuming for beginners. I provided the review of common analytical methods in community ecology in the presented bachelor thesis with a focus on basic taxocoenosis parameters. Consequently, I created R functions for these parameters which are more user-friendly and provide both tabular and graphical outputs. In total, I prepared 11 functions that calculate and visualize species richness and abundance of samples, structure of species in the sample (dominance and frequency), species richness indices (Margalef and Menhinick index), species diversity indices and evenness for the indices (Shannon index, Simpson and Brillouin index), and calculate similarity of samples (Jaccard and Renkonen index, S?rensen coefficient and Bray-Curtis index).

Klíčová slova

abundance, dominance, druhová pestrost, indexy diverzity, podobnost vzorků, ekologická analýza společenstev

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 28. 4. 2022

Zveřejnit od: 31. 12. 2999

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 9. 6. 2022
• Vedoucí: doc. Mgr. Pavel Drozd, Ph.D.

OSTRAVSKÁ UNIVERZITA

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biologie / Systematická biologie a ekologie