Parallel Bifurcation Analysis in Parametrised Boolean Networks

Bc. Jakub Kadlecaj

Master's thesis

Anotácia:

Boolovské siete sú užitočným nástrojom na modelovanie rôznych javov. Každé správanie Boolovskej siete konverguje do takzvaného atraktora. V závislosti na rôznych logických parametroch môžu štruktúra a typ atraktorov prejsť podstatnou zmenou; takzvanou bifurkáciou. V tejto diplomovej práci predstavujem Aeon – softvérový nástroj detekujúci bifurkácie atraktorov v parametrizovaných Boolovských sieťach s asynchrónnou sémantikou.

Abstract:

Boolean networks provide a useful modelling tool for various phenomena from science and engineering. Any long-term behavior of a Boolean network eventually converges to a so-called attractor. Depending on various logical parameters, the structure and quality of attractors can undergo a significant change, known as a bifurcation. In this thesis I present Aeon—a tool for automatic analysis of attractor bifurcations in parametrized Boolean networks with asynchronous semantics.

Keywords

Boolean networks, attractors, bifurcation analysis

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 19. 5. 2020

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 17. 6. 2020
• Vedúci: prof. RNDr. Luboš Brim, CSc.
• Oponent: RNDr. Matej Troják

Masaryk University

Faculty of Informatics

Master programme / odbor:
Informatics / Parallel and Distributed Systems