Identifikace a typizace zástupců komplexu Burkholderia cepacia

Bc. Jana POLÁKOVÁ

Diplomová práce

The identification and typing of the Burkholderia cepacia complex

Anotace:

Komplex Burkholderia cepacia představuje skupinu geneticky příbuzných druhů bakterií neboli genomovarů, které často kolonizují pacienty trpící onemocněním horních nebo dolních dýchacích cest. Vzhledem k velkému klinickému významu zástupců komplexu Burkholderia cepacia je nezbytná jejich rychlá a přesná identifikace a typizace s využitím adekvátních metod. Tato diplomová práce shrnuje aktuální poznatky v problematice patogenity zmíněného komplexu bakterií a je zaměřena na identifikační a typizační metody, které lze v tomto případě využít pro klinické i epidemiologické studie. Experimentální část práce se zabývá identifikací a typizací bakteriálních izolátů, vykultivovaných z klinických vzorků pacientů s vybranou skupinou diagnóz a náležejících do komplexu Burkholderia cepacia. K identifikaci těchto izolátů byla využita hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF a genomovar-specifická PCR, která umožňuje určit příslušnost ke genomovarům. Typizace studovaného souboru izolátů je v rámci práce provedena jednak prostřednictvím náhodné amplifikace polymorfní DNA (RAPD) a jednak její modifikací, metodou analýzy tání produktů náhodné amplifikace polymorfní DNA (McRAPD). Předložená diplomová práce srovnává aplikované typizační metody a podává informaci o jejich možných aplikacích. Technika RAPD je vhodná převážně pro globální srovnání klinických izolátů, a poměrně nedávno zavedená metoda McRAPD představuje v typizaci bakterií potenciál, především co se týče epidemiologických studií.

Abstract:

The Burkholderia cepacia complex is a group of genetically related species of bacteria, so called genomovars, that often colonize patients suffering from upper or lower respiratory tract disease. Because of great clinical significance of representatives of the Burkholderia cepacia complex, their rapid and accurate identification and typing using appropriate methods is necessary. This diploma thesis summarizes the current knowledge in the pathogenicity of the mentioned bacteria complex and is focused on identification and typing methods that can be used in this case for clinical and epidemiological studies. Experimental part of the thesis deals with identification and typing of bacterial isolates cultured from clinical specimens of patients with selected diagnosis and belonging to the Burkholderia cepacia complex. MALDI-TOF mass spectrometry and genomovar-specific PCR, which are able to determine genomovars, were used to identify these isolates. Typing of the set of isolates is performed by Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) and also by its modification, Melting curve of Random Amplified Polymorphic DNA (McRAPD). This diploma thesis compares the methods used for typing and informs about their possible aplications. RAPD is suitable mainly for the global comparison of clinical isolates, and relatively recently introduced McRAPD method has a potencial in typing of bacteria, especially in epidemiological studies.

Klíčová slova

Burkholderia cepacia komplex, identifikace a typizace bakterií, MALDI-TOF MS, RAPD, McRAPD

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 3. 4. 2018

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: RNDr. Lucie Janovská, Ph.D.

UNIVERZITA PALACKÉHO V OLOMOUCI

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie