Využití vybraných mezidruhových mikrosatelitních markerů pro studium genetické variability populací Lactuca serriola

Monika VRÁNOVÁ

Bachelor's thesis

The use of selected cross-species microsatellite markers for population genetic studies of Lactuca serriola

Abstract:

V této bakalářské práci jsem se zabývala nalezením 35 polymorfních mikrosatelitních markerů, které by bylo možno použít pro posouzení genetické variability DNA druhu lociky kompasové (Lactuca serriola L.). V teoretické části jsem nastínila taxonomické zařazení a morfologii L. serriola. Dále jsem se věnovala repetitivním sekvencím, kde jsem se zaměřila na mikrosatelity a nakonec jsem zmínila použité metody polymerázová řetězová reakce (PCR) a elektroforetická separace. V rámci praktické části, byla nejdříve izolována DNA ze 79 vzorků L. serriola pomocí metody CTAB. Pro optimalizaci PCR podmínek celkem 29 mikrosatelitních markerů byla provedena gradientová PCR a následná detekce produktů pomocí agarózové elektroforézy. Markery s optimalizovanými podmínkami PCR byly následně testovány na podsouboru 8 vzorků v polyakrylamidovém gelu, pro selekci nejlépe hodnotitelných markerů. Vybrány byly 3 markery (WSULs-018, WSULs-215 a SML-041), které byly následně testovány na celé kolekci 79 vzorků L. serriola pocházejících z USA a Kanady. Pro srovnání schopnosti vybraných markerů detekovat variabilitu byly u analyzovaných jedinců zjištěny konstituce alel, byl stanoven počet detekovaných alel, vypočítány hodnoty pozorované a očekávané heterozygotnosti, polymorfní informační obsah jednotlivých markerů a vazba mezi lokusy.

Abstract:

In this bachelor thesis I have been trying to find 35 polymorphic microsatellite markers, which could be used for evaluation of genetic variability of DNA of the species of Lactuca serriola. In the theoretical part I outlined the taxonomic classification and morphology of L. serriola. Then the main features of repetitive sequences with focus on micosatellites are presented, and finally the background of method, which have been used polymerase chain reaction (PCR) and electroforetic separation is presented. In the practical part of my thesis, I isolated DNA from 79 L. serriola accessions by the CTAB method. To optimize PCR conditions of 29 microsatellites markers, gradient PCR and agarose electroforesis was used. Markers with optimized PCR conditions were then tested on a subset of 8 samples in a polyakrylamide gel, to select markers with unambiquously scorable patterns. Three markers (WSULs-018, WSULs-215 and SML-041) were selected, for final analyses of 79 L. serriola accessions originating from the USA and Canada. To compare the ability of the selected markers to detect variability, the constitution of alleles, the number of alleles detected, the values of observed and expected heterozygosity and the polymorphic information content of individual markers was inspected and linkage disequilibrium.

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 3. 5. 2018

Thesis defence

• Supervisor: RNDr. Miloslav Kitner, Ph.D.

PALACKÝ UNIVERSITY OLOMOUC

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology