In silico studium pohlavně vázaných genů pomocí bioinformatických přístupů

Bc. Natália Langová

Diplomová práce

In silico study of sex linked genes by bioinformatic approaches

Anotace:

Cílem této práce je analýza sekvenčních dat u šťovíku (Rumex acetosa) a chmele (Humulus lupulus) a identifikace jejich pohlavně vázaných genů. Pro tento účel byly použity programy LinkYX a Sex-DETector, které úspěšně identifikovaly potenciální pohlavně vázané geny. Výsledky byly následně anotovány pomocí programu BLAST a byly identifikovány jejich homology. Následně bylo vybráno několik kandidátních genů pro další testování a potvrzení jejich vazby na pohlaví. Výsledky této práce budou využity v probíhajícím výzkumu na Oddělení vývojové genetiky rostlin na Biofyzikálním ústavu Akademie věd České republiky v Brně.

Abstract:

The aim of this thesis is the analysis of sequencing data in a sorrel (Rumex acetosa) and a hop (Humulus lupulus) and identifying their sex-linked genes. Programs LinkYX and Sex-DETector were used for this purpose successfully identifying potential sex-linked genes. Results were subsequently annotated using BLAST and their homologs were identified. Subsequently several candidates were selected to be further tested, and to confirm their sex-linkage. Results of this thesis will be used in ongoing research at the Department of Plant Developmental Genetics at the Institute of Biophysics of the Academy of sciences of the Czech republic in Brno.

Keywords

Šťovík kyselý, Rumex acetosa, Chmel otáčivý, Humulus lupulus, pohlavně vázané geny, pohlaví, pohlavní chromozomy, NGS, LinkYX, Sex-DETector, X chromozom, Y chromozom, BLAST, Gelová elektroforéza

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 12. 8. 2020

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 7. 9. 2020
• Vedoucí: Ing. Radim Čegan, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biochemie / Chemoinformatika a bioinformatika