Sekvenování genu ALAS2

Renata HOLOUBKOVÁ

Bachelor's thesis

ALAS2 gene sequencing

Anotácia:

Ve své bakalářské práci jsem se zabývala detekcí mutací v genu ALAS2. V teoretické části jsem se zabývala seznámením se s genetickými pojmy a samotným oborem genetika. Práce začíná od samotné buňky, po chromozomy, přes mutace. Dále jsem se zabývala přímo genem ALAS2. V následujících kapitolách jsem se zaměřila na hem, neboť gen ALAS2 kóduje enzym, který je zodpovědný za produkci hemu. V neposlední řadě jsem popsala onemocnění erytropoetickou protoporfyrii a sideroblastickou anémii, která vznikají právě kvůli mutacím v tomto genu. V praktické části jsem se věnovala vyšetření genu ALAS2 exonu 11. Vyšetřovala jsem 25 zanonymizovaných vzorků, ze kterých jsem izolovala DNA. Požadovaný úsek genu jsem poté metodou PCR naamplifikovala. Vzorky jsem připravila na metodu sekvenování, která proběhla u firmy GenSeq s.r.o. V poslední části mé bakalářské práce jsem se zabývala jednak hodnocením sekvencí a zpracováním výsledků, ale také vyhodnocením sekvencí od dětí z Karvinska a Českobudějovicka, které jsem obdržela. Z celého vyšetřovaného souboru a souboru na zhodnocení nebyly nalezeny žádné mutace. Pro hodnocení z většího souboru dat byly přidány výsledky nalezených mutací z výzkumu.

Abstract:

In my bachelor thesis I dealt with the detection of mutations in the ALAS2. In the theoretical part, I dealt with the introduction to genetic concepts and the field of genetics itself. The work begins from the cell itself, to the chromosomes, through mutations. I also dealt directly with the ALAS2 gene. In the following chapters, I focused on heme, because the ALAS2 gene encodes an enzyme that is responsible for heme production. Last but not least, I have described the disease erythropoietic protoporphyria and sideroblastic anemia, which arise precisely due to mutations in this gene. In the practical part, I examined the ALAS2 gene of exon 11. I examined 25 anonymized samples, from which I isolated DNA. I then amplified the desired section of the gene by PCR. I prepared the samples for the sequencing method, which took place at GenSeq s.r.o. In the last part of my bachelor's thesis, I dealt with the evaluation of sequences and processing of results, but also with the evaluation of sequences from children from Karviná and České Budějovice, which I received. No mutations were found from the whole examined group and the group to be evaluated. For evaluation from a larger data set, the results of the mutations found in the research were added.

Kľúčové slová

ALAS2, Erytropoetická protoporfyrie, Sideroblastická anémie, hem, izolace, PCR, Sangerovo sekvenování

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 3. 5. 2021

Obhajoba závěrečné práce

• Vedúci: Ing. Tomáš Nix, Ph.D.

UNIVERSITY OF SOUTH BOHEMIA IN ČESKÉ BUDĚJOVICE

Faculty of Health and Social Sciences

Bachelor programme / odbor:
Specialization in Health Service / Health Technician