Webové rozhraní pro pokročilou analýzu diskrétních modelů genových regulačních sítí

Mgr. Juraj Kolčák

Bachelor's thesis

Web Interface for Advanced Analysis of Discrete Gene Regulatory Network Models

Anotácia:

V tejto práci predstavujeme novú webovú aplikáciu poskytujúcu jednotné webové rozhranie pre analýzu a identifikáciu parametrov v diskrétnych génových reguláčných sieťach. Aplikácia je uživateľsky prívetivá a naviguje užívateľa čiastočne automatizovaným procesom evaluácie parametrov. Automatizácia danej procedúry maximalizuje užiateľský komfort, čo je jednou z našich najvyšších priorít. Okrem ponúkaných nástrojov k analýze, aplikácia ponúka aj úložný priestor na serveri. Programom spravovaný súborový systém uľahčuje uživateľskú manipuláciu so súborovým systémom a prezentuje ho v rozumnom štýle. Aplikácia ako celok je postavená na modulárnej archotektúre, čím zabezpečuje jednoduchú údržbu a možnosti rožšírenia v budúcnosti.

Abstract:

We introduce a new web-based application for common analyses and parameter identification in discrete gene regulatory networks. The application is user-friendly and guides the user through the semi-automated parameter evaluation process. The automation of the procedure maximizes user comfort, which is one of our top priorities. Apart from the analysis tools offered, the application offers a server-side storage space managed by the application. The program managed file system provides the users with a sensible and easy to maintain file system browser. The whole application is built on a modular architecture allowing easy further expansion and modification.

Keywords

discrete gene regulatory network, Thomas network, parameter identification, web interface

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 20. 5. 2013

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 18. 6. 2013
• Vedúci: RNDr. David Šafránek, Ph.D.
• Oponent: RNDr. Milan Češka, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / odbor:
Informatics / Mathematical Informatics