Studium strukturní dynamiky a foldingu kvadruplexové DNA počítačovými metodami – Bc. Petr Stadlbauer, Ph.D.
Bc. Petr Stadlbauer, Ph.D.
Diplomová práce
Studium strukturní dynamiky a foldingu kvadruplexové DNA počítačovými metodami
Computational study of structural dynamics and folding of quadruplex DNA
Anotace:
Provedli jsme molekulově dynamické simulace s explicitním zahrnutím molekul solventu k doplnění předchozích experimentálních a výpočetních studií foldingu guaninových kvadruplexů (G-DNA). Nejprve jsme iniciovali unfolding několika různých G-DNA jejich simulováním v podmínkách bez přítomnosti kationtů, poté jsme se snažili takto porušené struktury zfoldovat zpět simulováním v přítomnosti iontů. Byl …víceAbstract:
Explicit solvent molecular dynamics simulations have been used to complement preceding experimental and computational studies of folding of guanine quadruplexes (G-DNA). We initiate early stages of unfolding of several G-DNAs by simulating them under no-salt conditions and then try to fold them back using standard excess salt simulations. There is a significant difference between G-DNAs with all-anti …více
Jazyk práce: čeština
Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 14. 5. 2013
Identifikátor:
https://is.muni.cz/th/x11g6/
Obhajoba závěrečné práce
- Obhajoba proběhla 18. 6. 2013
- Vedoucí: prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.
Citační záznam
Plný text práce
Obsah online archivu závěrečné práce
Zveřejněno v Theses:- světu
Jak jinak získat přístup k textu
Instituce archivující a zpřístupňující práci: Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakultaMasarykova univerzita
Přírodovědecká fakultaMagisterský studijní program / obor:
Biochemie / Biomolekulární chemie
Práce na příbuzné téma
-
Počítačové simulace strukturní dynamiky guaninových kvadruplexů
Barbora Knappeová -
Parametrizace silového pole pro molekulárně dynamické simulace analogů nukleotidů nukleových kyselin
Michal Růžička -
Simulace molekulárních modelů membrán kůže
Petr VOŇKA -
Simulace látek na buněčných membránách
Markéta PALONCÝOVÁ -
Studium 3D struktury RNA Pospiviroidu metodami molekulové dynamiky
Filip SAMOHÝL -
Nástroje pro analýzu trajektorií molekulárně dynamických simulací
Viktor Illík