Bc. Kryštof Matuštík

Bachelor's thesis

Computational Workflow for Genome-Scale Metabolic Model Reconstruction of Non-Model Organisms

Computational Workflow for Genome-Scale Metabolic Model Reconstruction of Non-Model Organisms
Abstract:
Celogenomové metabolické modely (GEM) nabízejí kolekci znalostí pro pochopení metabolických sítí specifických pro daný organismus, přičemž jejich využití sahá od strain engineering až po předpovídání chování buněk. V posledních dvou desetiletích bylo vytvořeno několik GEM, avšak vytvoření takových modelů pro nemodelové organismy je stále náročné. Tato práce představuje klíčové koncepty rekonstrukce …more
Abstract:
Genome-scale metabolic models (GEMs) offer an organism-specific knowledge base for understanding metabolic networks, with applications ranging from strain engineering to predicting cell behaviour. In the last two decades, multiple GEMs were created. However, the creation of such models for non-model organisms is still a challenging endeavour. This thesis introduces GEM reconstruction's key concepts …more
 

Keywords

genome-scale metabolic modelling systems biology modelling tools
 
Language used: English
Date on which the thesis was submitted / produced: 23. 5. 2025
Identifier: https://is.muni.cz/th/evt6c/

Thesis defence

  • Date of defence: 26. 6. 2025
  • Supervisor: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
  • Reader: doc. Mgr. Ing Karel Sedlář, Ph.D.

Citation record

Cite this text

Full text of thesis

Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:
  • světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Fakulta informatiky
Složka Reference to the local database directory of the institution

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / field:
Informatics / Informatics

Theses on a related topic

List of theses with an identical keyword.