NMR a molekulárně dynamická studie struktury vybraného oligonukleotidu a peptidu

Bc. Matúš Durec

Diplomová práce

Structural study of selected oligonucleotide and peptide by NMR and molecular dynamics

Anotace:

Teoretická časť práce pojednáva o spôsoboch väzby malých organických molekúl na DNA, so zameraním sa na väzbu do žliabku. Ďalšou témou boli amyloidy, ich vlastnosti a metódy štúdia. Náplňou praktickej časti bolo pomocou NMR a molekulárnej dynamiky určiť väzbový mód alkaloidu palmatínu a vybraného oligonukleotidu. Snahou takisto bolo odhaliť sekvenčnú špecificitu väzby palmatínu. ITC experiment priniesol termodynamické dáta viazania sa. Ďalej sa takisto za použitia NMR a MD skúmala schopnosť vybraného hexapeptidu tvoriť agregáty.

Abstract:

Teoretical part of this work discusses binding modes of small organic molecules to DNA, with emphasis on groove binding. Amyloids, their features and methods of study were next topic. NMR and molecular dynamics were used in practical part of this thesis in order to determine binding mode of palmatine alkaloid to selected oligonucleotide. There was also effort to reveal sequential specificity of palmatine binding. Thermodynamics data were provided by using ITC experiments. Next, the ability of selected hexapeptide of forming aggregates was analysed by using NRM and MD.

Keywords

oligonucleotides, peptides, NMR, molecular modelling, alkaloids

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 13. 5. 2011

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 22. 6. 2011
• Vedoucí: prof. RNDr. Radek Marek, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biochemie / Biomolekulární chemie