Aplikace pro správu biologických modelů

Bc. Jan Jílek

Bachelor's thesis

Biological models administration tool

Anotácia:

Bakalářské práce se zabývá návrhem a implementací rozhraní pro správu biologických modelů na webu e-cyanobacterium.org a návrhem a implementací postupu pro validaci a evaluaci matematických výrazů. V teoretické části se porovnávají existujících řešení, které by mohly sloužit jako inspirace pro samotný návrh rozhraní na portále e-cyanobacterium.org. Dále se zabývá problematikou spojenou s validací a evaluací infixové notace matematického výrazu. Praktická část navrhuje a implementuje rozhraní pro správu biologických modelů, tak aby vyhovovalo co největší části odborníků. Dále implementuje evaluaci a validaci matematických výrazů psaných v infixové notaci. Modul je navrhnut tak, aby jej bylo možno v budoucnu jednoduše rozšířit.

Abstract:

Thesis deals with the design and implementation of graphical user interface od management of biological models for the web portal e-cyanobacterium.org. Also conserns of design and implementation of procedures for the validation and evaluation of mathematical expressions. In the theoretical part compares existing solutions that could serve as an inspiration for the entire design of the graphical interface of the portal e-cyanobacterium.org. It also deals with the issues associated with the validation and evaluation of mathematical expression in infix notation. The practical part designs and implements a graphical interface for managing biological models. Besides implements evaluation and validation of mathematical expressions written in infix notation. The module is designed so that it can be easily extended in the future.

Kľúčové slová

e-cyanobacterium.org, SBML, sinice, biologický model, GUI, infixová notace, cyanobacteria, infix notation, biological model

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 20. 5. 2013

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 18. 6. 2013
• Vedúci: Mgr. Matej Klement
• Oponent: RNDr. David Šafránek, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / odbor:
Applied Informatics / Bioinformatics