Využití kvasinek při studiu funkce chromatinových komplexů

Bc. Ievgeniia Skrypnykova

Diplomová práce

Analysis of chromatin complexes function using yeast

Anotace:

Kvasinky jsou významným modelovým organizmem v molekulární a bunečné biologii. Tato diplomová práce je zaměřena na využití kvasinky Schizosaccharomyces pombe pro studium chromatinového proteinového komplexu Smc5/6. Daný komplex je zapojen do mechanizmů oprav poškozené DNA, má však i řadu dalších funkcí. Cílem práce bylo prokázání funkčních vztahu mezi geny pro Nse1, Nse3 a Nse4 podjednotky Smc5/6 v procesu ubikvitinace. Základní metodou byla transformace DNA do kvasinek S. pombe pro tvorbu mutantních kmenů, u kterých je znemožněna ubikvitinace analyzovaných podjednotek komplexu. Sledováním fenotypu těchto mutantů bylo zjištěno, že Nse4 podjednotka pravděpodobně není klíčovým funkčním substrátem pro Nse1 ubikvitin-ligázu. Nse3 a Nse1 podjednotky mohou být posttranslačně modifikovány více značkami. Mezi ně může patřit i ubikvitin připojovaný Nse1 podjednotkou. Výsledky testování fenotypu vytvořených mutantních kmenů svědčí o důležitosti posttranslačních modifikací Nse1 a Nse3 podjednotek.

Abstract:

Yeasts are important model organisms for molecular and cell biology. This diploma thesis is focused on use of yeast Schizosaccharomyces pombe for analysis of chromatin protein complex Smc5/6. This complex is involved in DNA repair mechanisms, but it also functions in a range of other processes. The aim of this thesis was to prove functional relations between genes for Nse1, Nse3 and Nse4 subunits of Smc5/6 in ubiquitination process. The main method was transformation of DNA into yeast S. pombe to create mutant strains with abolished ubiquitination of analyzed subunits. By subsequent analysis of their phenotype, it was discovered that Nse4 subunit is probably not a key functional substrate for Nse1. Nse3 and Nse1 subunits could be a target for a number of post-translational modifications. One of them might be ubiquitination by Nse1 subunit. Results of phenotype testing show the importance of post-translational modifications of Nse1 and Nse3 subunits.

Klíčová slova

kvasinky, Smc5/6 komplex, genetické interakce, ubikvitinace, oprava DNA, yeast, genetic interactions, ubiquitination, DNA repair

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 10. 5. 2017

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 12. 6. 2017
• Vedoucí: doc. Mgr. Jan Paleček, Dr. rer. nat.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Experimentální biologie / Speciální biologie