Využití lingvistických metod v molekulární fylogenetice

Bc. Hana OWSIANKOVÁ

Master's thesis

The utilization of linguistic methods in molecular phylogenetics

Anotácia:

Diplomová práce předkládá biosémiotické koncepty založené na analogii přirozeného jazyka a DNA, které vychází z chápání sekvencí DNA jako textu. Hlavním tématem je využití lingvistických metod v bioinformatice, předně pak pro účely molekulárně fylo-genetických studií. Pro výzkumnou část je využita metoda Damerau-Levenshteinovy vzdálenosti a Bag-of-Words model. V prvním případě je testována hypotéza o příbuzenství druhu Malus domestica (jabloň domácí) a planého druhu Malus sieversii pocházejícího z oblasti Tyrkystánu v Centrální Asii. Druhý výzkum je zaměřen na mapo-vání vztahů hybridů ke svým progenitorům tvořících tzv. U-model rodu Brassica (bru-kev). Pro oba výzkumy jsou použity genetické markery, konkrétně nukleární ribozomální marker ITS1 5.8S ITS2 a chloroplastový marker maturáza K. Cílem práce je prezentovat lingvistické metody jako vhodný nástroj pro zkoumání fylogenetických vztahů na mezi-druhové úrovni.

Abstract:

This diploma thesis presents biosemotic concepts based on the analogy of natural lan-guage and DNA, based on the understanding of DNA sequences as text. The main topic is the use of linguistic methods in bioinformatics, especially for molecular phylogenetic studies. For the research part, the Damerau-Levenshtein distance method and the Bag-of-Words model are used. In the first case, the hypothesis on the relation of Malus do-mestica (domestic apple tree) and the wild species Malus sieversii originating from the Tyrkystane area in Central Asia is tested. The second research is focused on the mapping of hybrids relations to their progenitors forming the so-called U-model of genus Brassi-ca. Genetic markers, namely the nuclear ribosomal ITS1 5.8S ITS2 marker and the chlo-roplast marker maturase K, are used for both studies. The aim of this paper is to present linguistic methods as a suitable tool for the research of phylogenetic relationships at the interspecific level.

Kľúčové slová

biosemiotika, molekulární fylogenetika, lingvistické metody, Damerau-Levenshteinova vzdálenost, Bag-of-Words model, Malus, Brassica

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 14. 5. 2018

Obhajoba závěrečné práce

• Vedúci: Mgr. Dan Faltýnek, Ph.D.

PALACKÝ UNIVERSITY OLOMOUC

Faculty of Arts

Master programme / odbor:
Philology / General Lingvistics and Theory of Communication