Zpracování sady formátů pro ukládání molekulárních struktur

Mgr. Lukáš Ďurovský

Bachelor's thesis

File formats for storing molecular strucuture data

Abstract:

This bachelor thesis deals with the implementation of modules for loading of biochemical data from data files in different file formats. Significant focus is put on the description of Amber, Gromacs and CHARMM, which store information about dynamic structures, meaning structures moving over time. The thesis also revolves around the MOL format, which contains information about small static structures - ligands. The history of each format is briefly introduced but it is the exact way data is stored within these file formats that is described in detail. Implementation of the aforementioned modules into CAVER Analyst software is also discussed.

Abstract:

Práca sa zameriava na implementáciu modulov pre načítanie biochemických dát z dátových súborov v rôznych formátoch. Ťažiskom práce je popis formátov Amber, Gromacs a CHARMM, ktoré uchovávajú informácie o dynamickej štruktúre, teda štruktúre, ktorá sa v čase pohybuje. Okrem toho sa práca venuje aj formátu MOL, ktorý slúži na uchovávanie malých statických štruktúr - ligandov. Popísaná je krátka história každého z formátov a hlavne presná forma jednotlivých dátových súborov existujúcich v rámci týchto formátov, spolu s implementáciou do aplikácie CAVER Analyst.

Kľúčové slová

CAVER Analyst, Java, proteínová štruktúra, proteín, bielkovina, molekulárna dynamika, biochemické dáta, formáty, PDB, Mol, CHARMM, Amber, Gromacs

Jazyk práce: Slovak

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 3. 1. 2014

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 6. 2. 2014
• Vedúci: Mgr. Vilém Šustr
• Oponent: RNDr. Jan Byška, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Informatics

Bachelor programme / odbor:
Applied Informatics / Applied Informatics