Srovnání izolačních metod pro současnou extrakci virové a bakteriální nukleové kyseliny z biologických matric

Bc. Dávid Vrábel

Master's thesis

Comparison of systems for simultanous extraction of nucleic acids of viral and bacterial origin from different biological matrices.

Abstract:

In some cases, when it is not possible or it is undesirable to split the sample, simultaneous isolation of both types of nucleic acids from one sample is required. For these cases there are several commercially available kits, those are able to isolate total nucleic acids. This diploma thesis compares results of four chosen isolation kits, by using samples spiked with defined concentrations of Bovine enterovirus and Listeria innocua cultures. Reverse transcription quantitative real-time PCR was established within thesis, for absolute quantification of isolated nucleic acids. MagMAX™ Total Nucleic Acid Isolation Kit has proved to be the most suitable for isolation of viral RNA and bacterial DNA.

Abstract:

V niektorých prípadoch, kedy nie je možné alebo je nežiaduce vzorku rozdeliť, je potrebná spoločná izolácia ako RNA, tak aj DNA z jedinej vzorky. Pre takéto prípady existuje niekoľko komerčných súprav, ktoré sú schopné izolovať celkové nukleové kyseliny. Táto diplomová práca porovnáva výsledky zo štyroch vybraných izolačných súprav pomocou umelo naočkovaných vzoriek kultúrami Bovinného enterovírusu a Listeria innocua o definovanej koncentrácií. Na kvantifikáciu izolovaných nukleových kyselín bola v práci zavedená a optimalizovaná reverzne transkripčná kvantitatívna real-time PCR. Ako najvhodnejšia na izoláciu ako vírusovej RNA tak aj bakteriálnej DNA sa ukázala súprava MagMAX™ Total Nucleic Acid Isolation Kit.

Keywords

Bovinný enterovírus, Listeria innocua, real-time PCR, revezrná transkripcia, izolácia, extrakcia, Bovine enterovirus, reverse transcription, isolation, extraction

Language used: Slovak

Date on which the thesis was submitted / produced: 14. 5. 2013

Thesis defence

• Date of defence: 11. 6. 2013
• Supervisor: Mgr. Petra Vašíčková, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Experimental Biology / Special Biology