Molekulární revize druhového komplexu Periclimenaeus echinimanus - caraibicus u spongobiontních krevet (Crustacea: Decapoda: Palaemonidae)

Bc. Denisa DODKOVÁ

Master's thesis

Molecular revision of the Periclimenaeus echinimanus - caraibicus species complex in spongoboiotic shrimps (Crustacea: Decapoda: Palaemonidae)

Anotácia:

Diplomová práce je zaměřena na molekulární revizi dvou druhů spongobiontích krevet rodu Periclimenaeus - P. echinimanus z Indo-pacifiku a P. caraibicus z atlantické oblasti. V praktické části bylo pomocí metody PCR získáno celkem 15 sekvencí tří genů (histon 3 - 6; 16S rRNA - 5 a COI - 3). Použity byly také sekvence z databáze GenBank a bakalářské práce. V analýze genu 16S rRNA bylo použito 46 sekvencí krevet rodu Periclimenaeus z různých lokalit. Sekvence byly analyzovány metodou Maximální věrohodnosti a Bayesovskou metodou. Fylogenetická analýza potvrdila, že v případě druhového komplexu P. echinimanus - caraibicus se nejedná o jeden druh, ale o dva blízce příbuzné druhy, které se od sebe geograficky izolovaly.

Abstract:

This diploma thesis is focused on molecular-genetics revision of the spongobiotic shrimps of the genus Periclimenaeus - P. echinimanus from Indo-pacific and P. caraibicus from Atlantic area. In the practical part, using the PCR method, 15 sequences of three genes were obtained (histone 3 - 6, 16S rRNA - 5 and COI - 3). In addition, sequences from the GenBank database and bachelor thesis were used. In total, 46 sequences of Periclimenaeus shrimps from different areas were used in the 16S rRNA analysis. The sequences obtained were analyzed using the Maximum likelihood method and the Bayesian method. Phylogenetic analysis confirmed that the species complex P. echinimanus - caraibicus is not one species, but two closely related species that have been geographically isolated from each other.

Kľúčové slová

Caridea, Palaemonidae, Periclimenaeus, spongobiontní krevety, P. echinimanus, P. caraibicus, fylogeneze, Atlantik, Indopacifická oblast

Jazyk práce: Czech

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 24. 4. 2019

Zverejniť od: 31. 12. 2999

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 3. 6. 2019
• Vedúci: RNDr. Ivona Horká, Ph.D.

University of Ostrava

Faculty of Science

Master programme / odbor:
Biology / Systematic Biology and Ecology