Sekvenční analýza možnosti použití pikornavirových inhibitorů proti lidským parechovirům, kobuvirům, kardiovirům a kosavirům

Mgr. Yevgen Levdansky

Bachelor's thesis

Sequence analysis to predict the possibility of the use of picornavirus inhibitors against Parechoviruses, Kobuviruses, Cardioviruses and Cosaviruses

Abstract:

Pikornaviry jsou malé neobalené ikosahedrální RNA-viry. Mezi jejich zástupci se vyskytuje řada lidských i savčích patogenů různé závažnosti: od rhinovirů způsobujících nachlazení až k enterovirům, echovirům a kardiovirům, které mohou být původci meningitid, kardiomyopatie nebo selhání jater. Vyřešení krystalové struktury jejich virionů a nestrukturních proteinů umožňuje návrh vhodných inhibitorů. Žádný z těchto inhibitorů ovšem zatím neprošel klinickým testováním. Další pikornaviry, jako kardioviry, parechoviry kobuviry či kosaviry, mohou působit onemocnění zažívacího ústrojí s potenciálními neurologickými komplikacemi a srdečním selháním. Přestože struktura jejich kapsidu není známa, lze vůči nim vytvářet vhodné inhibitory za pomoci sekvenční analýzy. Tato práce podává stručný přehled základních vlastností pikornavirů, jejich replikačního cyklu a inhibitorů, které by mohly být využity k inhibici pikornavirů se zatím nevyřešenou strukturou.

Abstract:

Picornaviruses are small non-enveloped icosahedral RNA viruses. They include many human and mammal pathogens ranging in severity of disease they induce from rhinoviruses causing common cold to enteroviruses, echoviruses, cardioviruses which can cause meningitis, cardiomyopathy and liver failure. Knowledge of crystal structures of virions and non-structural proteins allowed design of antiviral inhibitors. However, none of the compounds passed clinical trials. Other picornaviruses with unknown structure, such as cardioviruses, parechoviruses, kobuviruses and cosaviruses also cause diseases of gastrointestinal tract with potential for neurological complications and heart failures. Even though the strucutres of their capsids are not known, it might be possible to develop inhibitors against them using a sequence analysis. This bachelor thesis provides a brief summary of general characteristics of picornaviruses, their replication cycle and inhibitors which might be used to inhibit picornaviruses with unknown structure.

Keywords

picornavirus, sequence analysis, structure, inhibitors, enterovirus, rhinovirus, parechovirus, kobuvirus, cardiovirus, cosavirus, alignment

Language used: English

Date on which the thesis was submitted / produced: 12. 5. 2015

Thesis defence

• Date of defence: 8. 6. 2015
• Supervisor: Mgr. Pavel Plevka, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Experimental Biology / Molecular Biology and Genetics