Příprava a základní charakterizace fúzních proteinů složených z PDZ3_ZO-1 a GA88

Jan Hurdálek

Diplomová práce

The preparation and basic characterization of fusion proteins composed of PDZ3_ZO-1 and GA88

Anotace:

Fúzní proteiny jsou arteficiální proteiny připravované spojením dvou a více proteinových domén, zpravidla pomocí genového inženýrství. Jsou dnes široce uplatňovány v medicíně, vědě i chemickém průmyslu, nicméně nové poznatky o mezidoménovém ovlivňování mají potenciál odvětví designu a přípravy funkčních fúzních proteinů nebývale akcelerovat. Fúzní proteiny představené v této práci, FD5A a FD6A, jsou složeny z PDZ3 domény proteinu ZO 1 a arteficiální chameleonské domény GA88 a molekulárním modelováním in silico u nich byla predikována významná mezidoménová ovlivnění mechanismem dynamické alosterie. FD5A a FD6A s histidinovými kotvami byly v rámci této práce exprimovány v E. coli a purifikovány pomocí afinitní chromatografie s imobilizovanými ionty kovů, dále byly kotvy z proteinů odstraněny pomocí štěpení TEV proteasou a subtraktivní afinitní chromatografie a proteiny byly přečištěny pomocí vylučovaní chromatografie. Následovala charakterizace několika biofyzikálními metodami: analytické vylučovací chromatografie, dynamického rozptylu světla, analytické ultracentrifugace, cirkulárního dichroismu a diferenciální skenovací fluorimetrie. Bylo zjištěno, že ačkoliv se proteiny FD5A a FD6A prakticky neliší terciární ani sekundární strukturou, jejich tepelná stabilita je výrazně odlišná, což poukazuje na vzájemné vzdálené ovlivňování domén v těchto fúzích.

Klíčová slova

proteiny fúzní, proteiny chimérické, domény PDZ, PDZ3 ZO-1, proteiny chameleonské, GA88, alosterie dynamická

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 20. 7. 2023

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 22. 8. 2023
• Vedoucí: doc. RNDr. Lucie Zemanová, Ph.D.
• Oponent: PharmDr. Rudolf Andrýs, Ph.D.

Univerzita Hradec Králové

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Chemie / Toxikologie a analýza škodlivin