Optimalizovaná implementace korektoru sekvenačních chyb ECHO

Bc. Miloš Šimek

Diplomová práce

Optimized implementation of the sequencing error corrector ECHO

Anotace:

Předmětem diplomové práce „Optimalizovaná implementace korektoru sekvenačních chyb Echo“ je nová efektivní implementace algoritmu, který opravuje chyby zanesené v sekvencích genetické informace. Důležitou součástí je program navrhnout tak, že jeho běh bude časově kratší, než již existující alternativa. Součástí práce je uživatelská dokumentace a další možnosti optimalizace struktury a běhu programu.

Abstract:

The goal of this thesis: “Optimized implementation of the sequencing error corrector Echo” is more efective implementation of algorithm, which repairs errors in sequences of genetical information. Important part is to design program in a way, that it’s running time will be shorter in comparison with existing alternative. Thesis also includes user documentation and other ways how to improve structure and running time of the program.

Klíčová slova

Programování, C++, paralelizace, optimalizace, sekvenace chyb, Echo, DNA

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 26. 5. 2014

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 24. 6. 2014
• Vedoucí: Mgr. Aleš Křenek, Ph.D.
• Oponent: RNDr. Igor Peterlík, Ph.D.

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

Magisterský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Aplikovaná informatika