Studium interakcí hyaluronan-hyaluronan metodou molekulové dynamiky (virtuální experiment)

Alena Kolaříková

Bakalářská práce

Molecular-dynamics Simulations of Hyaluronan-hyaluronan Interactions (computer experiments)

Anotace:

Bakalářská práce se zabývá vzájemnými interakcemi dvou řetězců hyaluronanu ve vodném prostředí o různých koncentracích chloridu sodného prostřednictvím softwaru pro moleku-lovou dynamiku NAMD. Teoretická část práce pojednává o kyselině hyaluronové, popisu-je princip molekulové dynamiky a jak může být při studiu kyseliny hyaluronové přínosná, a shrnuje poznatky z předchozích podobných zkoumání. V rámci praktické části je pak na dvou různých modelech - řetězce zcela volné a řetězce fixované v místech, kde se mezi nimi spontánně tvoří vodíkové vazby - při teplotě 275 K a různých koncentracích soli zkoumána četnost intermolekulárních vodíkových vazeb a vliv sodných iontů a molekul vody na tyto vazby.

Abstract:

The bachelor thesis deals with interactions of two chains of hyaluronan in an aqueous solu-tion with various concentrations of sodium chloride by means of NAMD - software for molecular dynamics studies. The theoretical part of the thesis deals with hyaluronic acid, describes the principle of molecular dynamics and how it can be useful in the study of hyaluronic acid, and summarizes the findings from previous similar investigations. In the practical part, the frequency of intermolecular hydrogen bonds and the influence of sodium ions and water molecules on these bonds are examined on two different models - chains completely free and chains fixed in places where hydrogen bonds are spontaneously for-med - at a constant temperature of 275 K and at various salt centcentrations of NaCl.

Klíčová slova

molekulová dynamika, virtuální simulace, hyaluronan, vodíková vazba

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 17. 5. 2019

Obhajoba závěrečné práce

Univerzita Tomáše Bati ve Zlíně

Fakulta technologická

Bakalářský studijní program / obor:
Chemie a technologie materiálů / Polymerní materiály a technologie