Segmentace buněk ze snímků pořízených fluorescenčním mikroskopem

Petr FRIDRICH

Bakalářská práce

Segmentation of cells from fluorescent microscope images

Anotace:

Cílem této bakalářské práce je využít metody zpracování a analýzy obrazu na segmentaci buněk pořízených fluorescenčním mikroskopem a poskytnout dodatečné informace o studovaném systému. Motivací práce je automatizovat detekci buněk, ušetřit čas výzkumným pracovníkům a dodat spolehlivé informace. Data byla poskytnuta katedrou biologie PřF UJEP. V průběhu řešení práce se za pomoci binarizace, morfologických operátorů a dalších metod podařilo vytvořit postup, který dokáže identifikovat a jasně oddělit i dotýkající se buňky. Spolehlivá segmentace umožnila provést podrobnější analýzu experimentálních snímků, např. automaticky zjistit počet buněk, jejich velikosti a pokročilé tvarové charakteristiky, které jsou experimentátorům poskytnuty ve formě vizuálních výstupů a textových souborů.

Abstract:

The aim of this thesis is to use image processing methods for segmentation of cells acquired by fluorescence microscope and provide additional information about the system. The motivation of the work is to automate cell detection, save time for researchers and provide reliable information. The data were provided by the Department of Biology, Faculty of Science, UJEP. Binarization, morphological operators and other methods were used in the thesis, to create a procedure that identify and clearly separate the touching cells. Reliable segmentation allowes to perform a more detailed analysis of experimental images, e.g. to automatically determine the number of cells, their size and advanced shape characteristics, which are provided to the experimentalists in the form of visual outputs and text files.

Klíčová slova

segmentace buněk, fluorescenční mikroskop, Watershed, Python

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 28. 4. 2022

Zveřejnit od: 31. 12. 2999

Obhajoba závěrečné práce

• Vedoucí: RNDr. Zbyšek Posel, Ph.D.

UNIVERZITA JANA EVANGELISTY PURKYNĚ V ÚSTÍ NAD LABEM

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Aplikovaná informatika / Informační systémy