Matabolomika

Mgr. Kateřina Pilátová, Ph.D.

Bakalářská práce

Metabolomics

Anotace:

Metabolomika je nově se vyvíjející vědní disciplína, která se zabývá analýzou (identifikací a kvantifikací) všech metabolitů v buňce. Metabolom odráží fyziologický stav organismu a buňky a spolu s dalším vědními disciplínami s příponou „omika“ (genomika, transkriptomika a proteomika) tedy napomáhá k porozumění buněčné funkce. Aplikace nalézá v diagnostice, funkční genomice a systémové biologii. Při analýze metabolomu je vzhledem k jeho obrovské složitosti velice důležité, aby se vhodně připravil vzorek (tj. zhášení metabolismu, extrakce metabolitů a zakoncentrování vzorku), což může velice ovlivnit přesnost a správnost výsledků. V této bakalářské práci byla vypracována literární rešerše o této vědní disciplíně. Cílem experimentální části pak bylo stanovit účinnost extrakce nukleotidů (ATP, ADP, AMP) a koenzymů (NAD+, NADH, NADP+, NADPH) z bakterie Pracoccus denitrificans za použití acetonitrilu.

Abstract:

Metabolomics is recently developing science, which is concerned with analysis (identification and quantification) of all metabolites in the cell. Metabolome reflects physiological state of organism and coupled with another „omics“ disciplines (genomics, transcriptomics and proteomics) abetments of understanding of cellular function. It has aplications in diagnostics, function genomics and systems biology. As a result of the comlexity of metabolome, adequate methods for sample preparation (i.e. quenching of metabolism, extraction of metabolites, sample concentration) is therefore of outmost importace in analysis of metabolites, since it can significantly affect accuracy and precision of results. In this bachelor thesis the literature search gives a summary about this science. The goal of the experimental part is determining extraction efficiency of nucleotides (ATP, ADP, AMP) and coenzymes (NAD+, NADH, NADP+, NADPH) from Paracoccus denitrificans using acetonitrile.

Klíčová slova

metabolomika, metabolit, metabolismus, příprava vzorku, analýza metabolomu, hmotnostní spektrometrie, NMR spektroskopie, kapilární elektroforéza, kapilární zónová elektroforéza, prekoncentrační techniky, field enhanced stacking, Paracoccus denitrificans, metabolomics, metabolite, metabolism, sample preparation, metabolome analysis, mass spektrometry, NMR spectroscopy, capillary electrophoresis, capillary zone electrophoresis, preconcentration techniques

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 15. 5. 2008

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 17. 6. 2008
• Vedoucí: prof. RNDr. Zdeněk Glatz, CSc.
• Oponent: doc. RNDr. Petr Zbořil, CSc.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biochemie / Biochemie