Server Solution for Large-Scale Digital Pathology AI Methods

Bc. Martin Kačenga

Master's thesis

Anotácia:

Pokrok v digitálnej patológii vyústil v potrebu implementovať zobrazovač, ktorý je schopný zobraziť obrázky vo veľmi vysokom rozlíšení. Toto je aj záujmom výskumnej skupiny RationAI, ktorá takýto nástroj vytvorila za účelom zobrazovania patologických obrázkov a výstupov metód umelej inteligencie (so zameraním na detekciu rakoviny). V tejto diplomovej práci je odprezentovaný back end vybudovaný nad voľne dostupným serverovým riešením pre zobrazovanie obrázkov IIPImage. Diplomová práca obsahuje riešenia pre efektívne narábanie s patologickými obrázkami a anotáciami, a tiež podporu pre zobrazovanie obrázkov a konverziu do formátu OME-TIFF.

Abstract:

Advances in digital pathology have caused a need for image viewers capable of showing high-resolution whole slide images. RationAI team has developed such a viewer to provide a visualisation tool for pathologists and to facilitate the development of AI methods for cancer detection. However, the functionality of its back end is becoming insufficient. The thesis presents the back end based on IIPImage, which can effectively handle whole slide images and provides support for pathological annotations. In addition, the thesis explores the integration of the newly-emerging OME-TIFF format: this includes conversion workflow and back end support for the visualisation of the OME-TIFF images.

Keywords

Digital Pathology, Visualisation, RationAI, OME-TIFF, Whole Slide Images

Jazyk práce: English

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 17. 5. 2022

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 21. 6. 2022
• Vedúci: doc. RNDr. Petr Holub, Ph.D.
• Oponent: RNDr. Miloš Liška, Ph.D.

Masaryk University

Faculty of Informatics

Master programme / odbor:
Computer systems, communication and security / Software systems