Cross-species amplifikace mikrosatelitů z řádu tučňáci a konzervovaných ptačích mikrosatelitů u pelikána bílého (Pelecanus onocrotalus).

Hana KREMLOVÁ

Bachelor's thesis

Cross-species amplification of microsatellites from Sphenisciformes and conserved avian microsatellites in Great White Pelican (Pelecanus onocrotalus)

Abstract:

V této bakalářské práci jsem pomocí metody cross-species PCR amplifikace hledala polymorfní mikrosatelitní lokusy vyskytující se u pelikána bílého (Pelecanus onocrotalus). Amplifikované mikrosatelitní lokusy pocházely od ptáků z řádu tučňáci a univerzálních ptačích mikrosatelitů (EST ptačích mikrosatelitů a konzervovaných ptačích mikrosatelitů). V teoretické části jsem se zabývala taxonomickým zařazením pelikána bílého a jeho charakteristikou. Popsala jsem řád pelikáni, čeleď pelikánovití a také biologii pelikána bílého. Dále jsem se zabývala obecnou charakteristikou mikrosatelitů a popsala jsem mikrosatelity z řádu tučňáci a univerzální ptačí mikrosatelity. V praktické části jsem provedla cross-species PCR amplifikaci celkem se 173 páry primerů na genomické DNA šesti nepříbuzných jedinců pelikána bílého. Z nich bylo 113 párů primerů navržených pro amplifikaci mikrosatelitů 9 druhů tučňáků, 36 párů primerů pro amplifikaci EST ptačích mikrosatelitů a 24 párů primerů pro amplifikaci konzervovaných ptačích mikrosatelitů. Prostřednictvím 34 párů primerů jsem u 6 nepříbuzných jedinců pelikána bílého nalezla celkem 35 polymorfních mikrosatelitních lokusů, protože jeden pár primerů (TG13-016) poskytl dva polymorfní produkty. 18 párů primerů poskytujících polymorfní produkt bylo navrženo pro mikrosatelity 7 druhů tučňáků, 9 párů primerů poskytujících 10 polymorfních produktů bylo navrženo pro EST ptačí mikrosatelity a 7 párů primerů poskytujících polymorfní produkt bylo navrženo pro konzervované ptačí mikrosatelity.

Abstract:

In this bachelor thesis I used the method of cross species PCR amplification to search for polymorphic microsatellite loci occurring in Great White Pelican (Pelecanus onocrotalus). Amplified microsatellite loci came from Sphenisciformes and universal avian microsatellites (EST avian microsatellites and conserved avian microsatellites). The theoretical part looked into taxonomic classification of Great White Pelican and its characteristic. I described the order of the pelicans, the family of the pelican and the biology of the Great White Pelican. Then I looked into general characteristics of microsatellites and I described microsatellites of the Sphenisciformes and universal avian microsatellites. In the experimental part I did cross-species PCR amplification of a total of 173 pairs of primers on genomic DNA of six unrelated individuals of Great White Pelican. Of these, 113 pairs of primers were designed to amplify microsatellites in 9 species of penguins, 36 pairs of primers were designed to amplify EST avian microsatellites and 24 pairs of primers were designed to amplify conserved avian microsatellites. I found 34 pairs of primers that amplify 35 polymorphic microsatellite loci in Great White Pelican because one pair of primer (TG13-016) provided two polymorphic products. 18 pairs of primers providing a polymorphic product were designed for the microsatellites of 7 species of penguins, 9 pairs of primers providing 10 polymorphic products were designed for EST avian microsatellites and 7 pairs of primers providing 7 polymorphic products were designed for conserved avian microsatellites.

Keywords

pelikán bílý (Pelecanus onocrotalus), tučňáci (Sphenisciformes), DNA, mikrosatelit, cross-species PCR amplifikace

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 10. 5. 2019

Thesis defence

• Supervisor: RNDr. Petr Nádvorník, Ph.D.

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology