Analýza polymorfních cross-species mikrosatelitů pro determinaci paternity u volavky rusohlavé (Bubulcus ibis)

Lucie Hyráková

Bachelor's thesis

The analysis of polymorphic cross-species microsatellites for determination of paternity in Cattle Egret (Bubulcus ibis)

Abstract:

Mikrosatelity jsou vysoce proměnlivé opakující se sekvence DNA, které se v genomu vyskytují ve velkém množství. Tím se stávají vhodnými genetickými markery pro určování genetických vztahů mezi jedinci, zvláště pak pro určování paternity. Metoda amplifikace mikrosatelitové DNA pomocí cross-species primerů příbuzných taxonů je obzvláště užitečná pro hledání mikrosatelitových lokusů u druhů, u nichž nebyly dosud tyto mikrosatelity nalezeny. U volavky rusohlavé (Bubulcus ibis) nebyly dosud nalezeny vhodné polymorfní mikrosatelitové markery. Metodou cross-species amplifikace jsem na DNA volavky rusohlavé testovala primery odvozené z DNA zástupců řádů brodiví (Ciconiiformes), veslonozí (Pelecaniformes), plameňáci (Phoenicopteriformes), potápky (Podicipediformes), potáplice (Gaviiformes), dlouhokřídlí (Charadriiformes), vrubozobí (Anseriformes), tučňáci (Sphenisciformes), a jednoho druhu z řádu sudokopytníci (Artiodactyla). Nalezla jsem celkem 41 polymorfních mikrosatelitových lokusů odvozených z DNA čápa bílého (Ciconia ciconia), ibise japonského (Nipponia nippon), ibise rudého (Eudocimus ruber), kvakoše nočního (Nycticorax nycticorax), nesyta lesního (Mycteria americana), volavky velké (Adrea herodias), volavky žlutozobé (Egretta eulophotes), fregatky obecné (Fregata minor), kormorána galapážského (Phalacrocorax harrisi), kormorána ušatého (Phalacrocorax auritus), tereje modronohého (Sula nebouxii), plameňáka růžového (Phoenicopterus roseus) a potáplice lední (Gavia immer). Tyto mikrosatelity budou dále použity pro studium paternity u volavky rusohlavé

Abstract:

Microsatellites are highly variable repetitive sequences of DNA, which occur in genome in a large amount. Thus become suitable genetic markers for determination of genetic relationships between individuals, especially for determination of paternity. A method of amplification microsatellite DNA by cross-species primers of related taxa is highly useful for searching a microsatellite loci on species, in which these microsatellites were not find yet. In a Cattle-egret (Bubulcus ibis) were not found suitable polymorphic microsatellite markers yet. I tested in a Cattle-egret by cross-species amplification primers derived from DNA of taxa of Ciconiiformes, Pelecaniformes, Phoenicopteriformes, Podicipediformes, Gaviiformes, Charadriiformes, Anseriformes, Sphenisciformes and one species of Artiodactyla. I found 42 polymorphic microsatellite loci derived from DNA of the White stork (Ciconia ciconia), the Crested ibis (Nipponia nippon), the Scarlet ibis (Eudocimus ruber), the Black-crowned night-heron (Nycticorax nycticorax), the Wood stork (Mycteria americana), the Great blue heron (Ardea herodias), the Chinese egret (Egretta eulophotes), the Great frigatebirds (Fregata minor), the Flightless cormorant (Phalacrocorax harrisi), the Double-crested cormorant (Phalacrocorax auritus), the Blue-footed booby (Sula nebouxii), the Greater flamingo (Phoenicopterus roseus) and the Common loon (Gavia immer). These microsatellites will be use for a study of pathernity in a Cattle-egret

Keywords

volavka rusohlavá, Bubulcus ibis, mikrosatelity, cross-species, amplifikace, PCR

Keywords

Cattle-egret, Bubulcus ibis, microsatellites, cross-species, amplification, PCR

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 6. 5. 2010

Thesis defence

• Date of defence: 4. 6. 2010
• Supervisor: Petr Nádvorník
• Reader: Vladan Ondřej

Univerzita Palackého

Přírodovědecká fakulta

Bachelor programme / field:
Biologie / Molekulární a buněčná biologie