´Candidatus Phytoplasma prunorum´ - významný patogen meruněk a její vektoři

Eliška KOLONDEROVÁ

Bachelor's thesis

´Candidatus Phytoplasma prunorum´-important pathogen of apricot trees and its vectors

Abstract:

´Candidatus Phytoplasma prunorum´ je patogen dřevin rodu Prunus, u kterých způsobuje onemocnění zvané evropská žloutenka peckovin. Toto onemocnění je především rozšířeno ve střední a jižní Evropě. Tato bakalářská práce byla zaměřena na molekulární detekci a genotypizaci jedinců vektorové mery, Cacopsylla pruni, kteří byli odchyceni v různých letech na šesti lokalitách na jižní Moravě. Bylo získáno 40 parciálních sekvencí COI-tRNALeu-COII oblasti mitochondriální DNA. Porovnáním těchto sekvencí se sekvencemi COI a COII dostupnými v databázi GenBank vykazovala většina sekvencí nejvyšší identitu 99-100 % se COI sekvencemi jedinců C. pruni, gt02 a gt03 (Acc. No. KM206191.1, KM206192.1) původem z Itálie. U 7 vzorků série 141 původem z lokality Kalčník byly získány sekvence vykazující 88-90% identitu se COI sekvencemi C. melanoneura. Jedinci série 141 byli s největší pravděpodobností chybně identifikováni jako C. pruni, ale příslušejí k C. melanoneura. Na základě 16S rDNA genotypizace byli všichni jedinci C. pruni zařazeni do potenciálního kryptického druhu C. pruni B, genotyp B. Fylogenetická analýza parciálních sekvencí COI a COII tato zjištění potvrdila. Získané sekvence se vyvětvily do dvou samostatných skupin. Většina z nich se vyvětvila společně se COI sekvencemi C. pruni získanými z databáze GenBank. Analýza potvrdila identitu jedinců série 141, získané sekvence se vyvětvily společně se COI sekvencemi C. melanoneura získanými z databáze GenBank. V případě COII oblasti byla pozorována obdobná topologie fylogenetického stromu.

Abstract:

´Candidatus Phytoplasma prunorum´ is a pathogen of the genus Prunus, which causes a disease commonly called European stone fruit yellows. This disease is mostly spread in Central and Southern Europe. This bachelor thesis was focused on molecular detection and genotyping of samples of vector Cacopsylla pruni, which have been captured during the period of several years in six different locations of South Moravia. I have obtained 40 partial sequences COI-tRNALeu-COII of mitochondrial DNA. By comparison of these sequences with sequences COI and COII available in the GenBank database, the majority of the sequences had the highest identity match of 99-100 % with COI sequences of C. pruni, gt02 and gt03 (Acc. No. KM206191.1, KM206192.1) originated from Italy. Seven samples of series 141 from the location Kalečník had sequences showing 88-90 % identity match with COI sequences of C. melanoneura. The samples from series 141 have been most likely misidentified as belonging to C. pruni species, even though they probably do belong to C. melanoneura species. Based on 16S rDNA genotyping have been all samples of C. pruni species classified into cryptic species C. pruni B, genotype B. Phylogenetic analysis of partial sequences COI and COII these findings confirmed. Obtained sequences have branched into two individual groups. The majority have branched together with COI sequences of C. pruni obtained from GenBank database. The analysis have confirmed the identity of the samples of 141 series, the obtained sequences have branched together with COI sequences of C. melanoneura - also obtained from GenBank database. In case of COII parts, there have been found corresponding topology of phylogenetic tree.

Keywords

´Candidatus Phytoplasma prunorum´, fytoplazma evropské žloutenky peckovin, Cacopsylla pruni, mera trnková, COI, COII

Language used: Czech

Date on which the thesis was submitted / produced: 29. 7. 2022

Thesis defence

• Supervisor: Mgr. Dana Šafářová, Ph.D.

Palacký University Olomouc

Faculty of Science

Bachelor programme / field:
Biology / Molecular and Cell Biology