Rekonstituce CRISPR/Cas9 nukleázy in vitro

Bc. Kristýna Tučková

Bakalářská práce

In vitro reconstitution of CRISPR/Cas9 nuclease

Anotace:

V této bakalářské práci se věnujeme mechanismům působení CRISPR/Cas9 nukleázy, jejímu využití v modifikaci genů a modulaci genové exprese. Cílem bakalářské práce bylo vytvoření dvou aktivních komplexů CRISPR/Cas9 nukleázy s využitím dvou různých sgRNA a porovnání efektivity těchto dvou komplexů. SgRNA byly získány transkripcí DNA templátu, který byl připraven annealingem oligonukleotidů nebo linearizací plazmidu obsahujícího inzert DNA o určité sekvenci. Tyto dva způsoby přípravy se výrazně liší ve své časové a finanční náročnosti. Následně byla porovnávána účinnost obou sgRNA. Bylo zjištěno, že sgRNA z oligonukleotidů vykazovala vyšší efektivitu štěpení DNA substrátu.

Abstract:

In this thesis we study mechanisms of CRISPR/Cas9 nuclease and its use for gene editing and modulation of gene expression. The goals of this thesis were creation of two active complexes of CRISPR/Cas9 nuclease with the use of two different sgRNAs and comparision of effectivity of these two complexes. These sgRNAs were obtained by a transcription of DNA template, which was prepared by annealing of oligonucleotides or by linearization of plasmid, which contains insert of certain sequence. These two methods significantly vary in their requirements for finance and preparation time. Subsequently we have compared the efficiency of both the sgRNAs. We have found out, that the sgRNA prepared by annealing of oligonucleotides showed higher efficiency of DNA substrate cleavage.

Klíčová slova

CRISPR/Cas9, Nukleáza, SgRNA, Cas9, Editace genomu, Adaptivní imunita

Jazyk práce: čeština

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 12. 5. 2016

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 13. 6. 2016
• Vedoucí: Mgr. Karel Říha, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biochemie / Biochemie