Adsorpce antimicrobiálních peptidů na fosfolipidové membrány

Bc. Adam Dobiáš

Bakalářská práce

Adsorption of antimicrobial peptides at phospholipid membranes

Anotace:

Antimikrobiální peptidy jsou součástí vrozeného imunitního sytému mnoha organizmů. Adsorpce těchto peptidů na biologické membrány je úzce spojena s jejich efektivitou a specificitou. V téhle práci jsme studovali efekt lipidového složení membrány, sekundární struktury peptidů a bodových mutací v sekvenci peptidu na adsorpci. Tyto efekty byly studovány za pomocí molekulové dynamiky s použitím techniky umbrella sampling. Navíc jsme studovali adsorpci na zakřivené membrány.

Abstract:

Antimicrobial peptides are a part of innate immune system of many organisms. Adsorption of these peptides on biological membranes is closely related to their effectiveness and specificity. In this thesis, we study effect of membrane lipid composition, effect of peptide secondary structure, and point mutations in peptide sequence on adsorption. These effects were studied using molecular dynamics with umbrella sampling method. Moreover, we investigate peptide adsorption at curved membranes.

Keywords

antimikrobiální peptidy, sekundární struktura, mutace, biologické membrány, výpočetní chemie, výpočty volných energií, umbrella sampling, hrubozrnné modely, soft matter, antimicrobial peptides, secondary structure, mutations, biological membranes, computational chemistry, free energy calculations, coarse-grained models

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 16. 5. 2018

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 13. 6. 2018
• Vedoucí: Mgr. Ivo Kabelka
• Oponent: José Gaspar Rangel Pamplona Pizarro Pinto

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Bakalářský studijní program / obor:
Biochemie / Chemoinformatika a bioinformatika