Softwarové nástroje pro analýzu biomakromolekulárních struktur a jejich metadat

Bc. Pavol Mikulaj

Diplomová práce

Software tools for analysis of biomacromolecular structures and their metadata

Anotace:

V této diplomové práci se věnujeme tvorbě programu, který zpracuje data o struktuře a kvalitě biomakromolekul pro databázi ValTrendsDB. Současné postupy jsou pomalé, složitě se používají a využívají několik nástrojů. Vytvořen byl program v programovacím jazyku Python, který je jednoduchý na použití a využívá paralelizaci pro zrychlení výpočtů.

Abstract:

This thesis deals with implementation of a program, that processes data about structure and quality of biomacromolecules for ValTrendsDB database. Currently utilized workflow is slow, difficult to work with, and uses multiple tools. The program created in Python programming language is easy to use and utilizes parallelization to speed up necessary calculations.

Keywords

PDB, Protein Data Bank, validace molekul, ValTrendsDB, MotiveValidator, Python, Biopython, paralelizace, multiprocessing, molecule validation, parallelization

Jazyk práce: angličtina

Datum vytvoření / odevzdání či podání práce: 2. 2. 2021

Obhajoba závěrečné práce

• Obhajoba proběhla 15. 2. 2021
• Vedoucí: Mgr. Vladimír Horský, doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D.
• Oponent: doc. RNDr. Karel Berka, Ph.D.

Masarykova univerzita

Přírodovědecká fakulta

Magisterský studijní program / obor:
Biochemie / Chemoinformatika a bioinformatika