Bc. Pavol Mikulaj

Master's thesis

Softwarové nástroje pro analýzu biomakromolekulárních struktur a jejich metadat

Software tools for analysis of biomacromolecular structures and their metadata
Abstract:
V této diplomové práci se věnujeme tvorbě programu, který zpracuje data o struktuře a kvalitě biomakromolekul pro databázi ValTrendsDB. Současné postupy jsou pomalé, složitě se používají a využívají několik nástrojů. Vytvořen byl program v programovacím jazyku Python, který je jednoduchý na použití a využívá paralelizaci pro zrychlení výpočtů.
Abstract:
This thesis deals with implementation of a program, that processes data about structure and quality of biomacromolecules for ValTrendsDB database. Currently utilized workflow is slow, difficult to work with, and uses multiple tools. The program created in Python programming language is easy to use and utilizes parallelization to speed up necessary calculations.
 

Keywords

PDB Protein Data Bank validace molekul ValTrendsDB MotiveValidator Python Biopython paralelizace multiprocessing molecule validation parallelization
 
Language used: English
Date on which the thesis was submitted / produced: 2. 2. 2021
Identifier: https://is.muni.cz/th/amo3d/

Thesis defence

  • Date of defence: 15. 2. 2021
  • Supervisor: Mgr. Vladimír Horský, doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D.
  • Reader: doc. RNDr. Karel Berka, Ph.D.

Citation record

Cite this text

Full text of thesis

Contents of on-line thesis archive
Published in Theses:
  • světu
Other ways of accessing the text
Institution archiving the thesis and making it accessible: Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta
Složka Reference to the local database directory of the institution

Masaryk University

Faculty of Science

Master programme / field:
Biochemistry / Chemoinformatics and Bioinformatics

Theses on a related topic

List of theses with an identical keyword.